抢占了八罩岛的施琅命麾下士卒们轮番上岸休整，大军休整一夜后，六月十六日早间，施琅派遣兵船数十艘前往澎湖本岛打探明军布防。
江胜在得到八罩岛失守的消息后，果断将驻守西侧岛屿的军队召回澎湖本岛，加强防守。
他令沈诚暂统澎湖本岛陆路部队沿海岸严加防守。
他自己则调集林升、吴潜、秦海生、王隆、陈君明等水师众将，率领麾下水师分散镇守娘妈宫前口子并内外堑、东西峙等要口, 邱辉率领盖伦船埋伏在外海，凭借速度优势伺机而动。
诸多将领建议江胜道：“此间夏季多飓风，我等据火炮之利，当固守待敌，或许天不假清，大风灭之也未可知。”
江胜对此一说嗤之以鼻, 但他确实想利用岸炮之利, 吸引施琅来攻。
但在八罩岛领教过厉害的施琅见澎湖本岛防守严密，自然不会傻乎乎送上门去。
为将江胜引出来，他做出了一个大胆的决定，在六月十八日清晨，他率领水军大举驶出八罩岛，直奔向东宁本岛而去。
施琅这一招孤注一掷，攻敌所必救果然奏效。
接到消息的江胜大惊，再顾不上固守待敌，无奈放弃了岸炮和陆师的优势，点齐战船，水师倾巢而出，准备在海上拦截施琅。
得知江胜水师离岛，施琅故意放慢速度，以逸待劳，双方最终在将军澳东侧相遇。
不需多言，双方在发现彼此的瞬间，纷纷排列成阵，江胜并未忙于攻击，他亲上旗舰船桅顶端, 拿出千里镜观察福建水师阵势。
施琅不愧是水战宿将，其战船排列，深谙水战之道，毫无破绽。
而施琅在观察完江胜的列阵后，也发出了同样的感慨。
此时洋流向南，正利明军，江胜果断下令水师全军进击。
前锋王隆亲率大鸟船六艘，赶缯船二十许率先冲向敌阵，其余船只列好阵势跟在其后缓缓靠近。
蓝明报兄仇心切，担任先锋率船迎战，阻止王隆冲击本阵。
一双方隔着宽广的海面，炮火隆隆，王隆不避炮弹，全力驱使麾下船只冲前。
蓝明率领手下船只凭借高超的驾驶技巧与敌周旋，双方近距离炮火不断，不断有船只被炮弹击中，响起沉闷的咚咚之声。
跟在王隆身后的明军水师大举压上，施琅适时传令召回蓝明，福建水师战船缓缓后退, 隔着距离与敌进行炮战。
此举正是江胜所希望看到的, 眼见施琅采取运动炮击的战法，江胜果断下令邱辉从右翼率领盖伦船冲出。
当五艘盖伦船出现在明军水师右翼时，施琅面色大变，居然有五艘，他赶紧命令左翼朱天贵部加快速度向本阵靠拢。
但盖伦船的速度太快了，快的连身后友军大鸟船也跟不上趟，朱天贵刚刚按照命令调整好风帆方向，万胜号已率先靠近。
数十门炮依次开火，随即赶来的四艘盖伦船也调整好角度争先下达开炮的命令，密集连绵的火炮声响起，一时间两军本阵之间的交火声都被掩盖。
而朱天贵所部在这一轮炮击下损失惨重，大鸟船被击毁四艘，其余赶缯船无算，他大惊失色惊恐地看着不远处的盖伦船。
待硝烟散去，他看清了为首万胜号上打的是邱辉的旗帜，他连忙站在坐船尾楼上高呼道：“可是亲家公当面，是我朱天贵啊。”
邱辉自然知道这是朱天贵的座船，风帆上的大字早已表明了指挥官的身份，他面色冷淡催促手下装填炮弹。
朱天贵犹在大喝：“亲家莫要开炮，我愿降！”
“开炮！”
轰隆声再起，朱天贵被当场炸成重伤眼看着活不成了，失去指挥的左翼清军水师霎时间大乱，此时明军的大鸟船也已赶到。
但左翼清军并未投降，仍苦苦咬牙支撑，继续与邱辉缠斗，一边逃离一边开炮还击。
邱辉带船衔尾追杀，盖伦船速度占优，不断有清军战船被追上，一轮炮击被轰成残木。
施琅见到左翼的惨状，面如寒霜，不理会手下将领请求支援左翼的命令，他全心全意地率领本阵水师与江胜纠缠。
正在此时，西南风再起，看见风信旗飘扬而起，施琅面色一振，呵斥手下将领道：
“贼军不过五艘西夷大船而已，或可局部争胜，但难定大局，速令全军升帆，乘风随本督突击江贼本阵！”
在施琅的命令下，福建水师暂停后撤，升起风帆迎着追击的江胜本阵冲来，邱辉见状立马放弃追杀，转向增援。
大风卷吹，风帆鼓动，福建水师冒着炮火以极快的速度冲抵江胜本阵，接舷近战开始。
蓝明带领众清军率先跳入明军一艘大鸟船上，迎接他们的是一排火铳之声，冲在头排的清军大半中弹身亡。
蓝明侥幸未死，通红的双眼死死地盯着明军，大喝一声举刀冲杀，明军也纷纷拔刀相击，船舱中鲜血飞溅，刀光四起。
随着又一艘清军船只架上这艘大鸟船，跳帮而来的清军越来越多，浑身浴血的水师参领曾田刚眼见抵挡不住，抬头大声地冲桅杆上的旗手喊道：“打旗！让周围的船冲老子开炮！快！”
旗手默默地点头，含泪打出旗语。
片刻功夫后不远处一阵炮声响起，蓝明的脑袋被飞来的炮弹削掉，船上瞬时间一片断肢残臂，曾田刚无声地咧嘴大笑，随着大鸟船缓缓沉没。
施琅不畏炮火，催促座下旗舰亲自冲入敌阵。
迎面正好是林升的座舰，他见施琅旗舰冲来，连忙催促靠了上去，想要跳帮接战，却被施琅旗舰灵巧的闪避开。
两船相错的瞬间同时开炮，木屑飞溅，船只颠颤。
林升一眼看见了对面船上踉跄的施琅，他大喝命令身边两个亲兵向施琅开枪。
两个亲兵反应极快，端起东宁铳，瞄准施琅，砰砰开了两枪。
一枪正中施琅身边亲兵，一枪擦过施琅脸颊，瞬间鲜血如注。
两船很快拉开了距离，林升对身边两个亲兵怒喝，“废物！”，连忙驾船再追。
施琅满脸鲜血的样子十分可怕，身边的亲兵大惊失色，连忙将其扶回船舱，同时命令旗舰准备后撤。
但此时越来越多的明军船只往此处靠来，也有越来越多的清军船只前来增援。
一时间施琅旗舰后退不得，双方围绕在这周围不断厮杀。
邱辉游弋在战场边缘，看准机会带领五艘盖伦船快速冲入战场，精准而迅捷地一轮炮击，击毁数艘清舰后，再迅速地脱离战场，充分发挥了速度快的优势。
随着时间的推移，战况对清军越来越不利，不断有福建水师将领打旗语请示施琅撤退。
皆被施琅拒绝，旗舰不断打出旗语命令各部奋勇前冲，不许后退半步。
这场海战从午时一直打到黑夜，海面上到处都是燃烧的木板和漂浮的尸体。
随着夜色降临，双方默契地互相脱离了战场。
战后福建水师仅剩大小战船六十七艘，士卒七千余人，而明军仍剩余大小战船剩余一百一十九艘，五艘盖伦船俱存，剩余水师将士一万三千余。
此战大胜！