张大校带着伤员赶回了基地，所有人在进入基地前均照射了复合射线，以杀除外来生命体。由于吞噬虫粘液侵蚀毒性大，不少伤员来不及照射射线，或者在照射过程中即死去，这让大家对吞噬虫的威力感到后怕。
张大校安排了一只特别医疗团队对吞噬虫细胞病毒展开攻关，以制备防感染疫苗，并安慰伤员们安心养伤。同时，由于减员严重，张大校申请总部派遣更多增援部队。
在红玫瑰所在的后勤能源补给中心，一台巨大功率的悬浮恒星能量站已经建成，并预备在明天正式开启。能量站可以通过电磁引力抽吸恒星光热，最终转化为电能，存储在压缩成的几毫米厚的压缩能量板中，以给各类设备提供源源不断的能量。启动之前，红玫瑰最为站长，召开了动员大会，以激励各类科研和后勤人员拿出最佳状态，挣取明天能顺利启动能量站。
由于大部分人员参与了动员大会，工作站内守备空虚。在电磁引力抽吸塔的最核心工作舱，几位科研人员正紧张地核对设备状态，以为明天的启动做最后准备。一个着警卫衣服的工作人员快步地走入工作仓，不由分说就用离子枪朝工作人员射击，并对着关键设备猛烈射击。
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“你疯了吗？你是谁？”一个机器人族的工作人员被射中后起身朝警卫扑了上去。警卫露出真面目，模样仿佛八爪章鱼。这只大章鱼用一只触手将机器人牢牢缠住，另外几只触手均持着离子枪，不停地破坏着舱内的关键设备。
一个躲在角落的工作人员躲闪着拉响了警报，核心工作站启动了一级预警。
红玫瑰得到消息后立即赶来时，这只八爪怪已经被警卫门击毙，但核心工作仓损毁严重，重新修复至少五天时间。红玫瑰感觉事态严重，一边向作战总指挥部报告情况，一边在宣布整个能量补给中心进入紧急戒备状态，以严查间谍。
根据八爪鱼的身份确定，是来自黑暗联盟的水族雇佣兵。红玫瑰尝试通过与金甲大猩猩大队长联系，以获得八爪怪的背后信息，但金甲大猩猩无能为力，难以帮忙。总指挥部下文狠狠批评了红玫瑰，并让红玫瑰加强警戒，亲自带人看守能量塔。至于间谍的事情，则会派遣一个2人专家团来彻底调查。
在张大校所负责的基地，作战指挥中心派遣了一支特殊作战部队前来增援。这支神秘的部队带来了新的武器，一类针对硅元素基础细胞的生物病毒，这种病毒能够快速感染吞噬虫机体，并造成机体溃烂而亡。
特殊作战部队利用吞噬虫的残肢作为培养基，大量繁殖生物病毒，并将病毒载体装配到导弹上，计划发射到地方基地，造成生物杀伤。虽然在银河系内部，生化武器公约依旧有效，但是对于外星入侵势力，显然没有任何顾忌。而且在银河系的对外扩张战争中，生化武器往往被滥用。
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就在特殊作战部队紧锣密鼓地开展生化实验时，在伤病室，奇怪的人口失踪事件不断发生，医务室内的伤员均胆战心惊，彻夜难眠。病人中流传着五爪怪物吞噬伤员的流言，张大校早通过视频录像了解了真相，原来几个感染粘液的伤员杀毒不成功，已经病变成吞噬虫，这些吞噬虫变化为人形怪，潜伏在伤员或医护人员中，并在夜间吞噬伤员或袭击战士。
为了避免恐慌扩大，张大校封锁了流言，并封锁了医护中心，禁止人员随意出入。
不同于战场上的死伤，吞噬病毒的这种感染袭击，使得张大校手足无措，他将消息上传给了作战指挥中心，并申请与中心切断一切人员来往，任何发往中心的信息，也必须经他之手，因为他怀疑在基地内部，吞噬虫变体已经无处不在，基地完全处于失控状态。
为了避免病毒蔓延，他命令特殊作战部队立即研制防吞噬虫病毒感染疫苗。同时，他也向他的师妹——红玫瑰请教抵御吞噬虫病毒的方法。红玫瑰将李彪传授她的基因重组方法告诉了张大校，并给出了具体的基因重组系列。
然而，重组自己的基因并非简单的能力，即使是张大校，也需要经过较长一段时间的闭关修炼才可完成，而远水救不了近火，张大校和红玫瑰只能相互提醒对方注意间谍入侵，两人交流完毕，均深深笼罩在吞噬虫阴影中。
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战事方面，前方派出的侦查兵报告敌方地面军团和空中军团正开始新的集结，而且我方秘密军事基地可能已经暴露。张大校临时集合了现有军队，所有士官约600多人，加上后勤等人员，约900多，另有近百名伤员被隔绝在医护中心。
张大校激励大家做好防御工作，因为敌人很可能发动大规模攻击，对于吞噬虫间谍事件，张大校安慰大家新的吞噬虫感染疫苗正在开发中，而且很快就会成功。动员结束后，张大校喊来了副官，让秘密筹备物质和人员，组建新的基地。
新基地的计划是张大校提出，即在周边10公里山地挖掘新的军事堡垒，与老基地形成犄角，互为支援。一来，老基地内已被吞噬虫间谍渗入，新基地人手应以疫苗反应正常者为候选人，以保证新基地人员内部不出问题。
另外，新基地人员可以绕出敌人背后，打敌人措手不及。这一秘密计划提出后，总部立即同意，但提出新派遣本德尔少将作为新基地的指挥官，张大校及其副官均受他指挥。本德尔是联合军团第3方面军总司令的儿子，在历次战争中军表现优异，但其人飞扬跋扈，对下属要求严厉。
张大校让副官备选了400人的队伍，大多数为机甲族人或皮肤硬化的抗腐蚀族，另外一部分也均为新研发的疫苗注射反应良好者。这批人秘密地集结，并一夜之间开付到了新的基地，被本德尔的部队收编。
在这批人刚离开的第二晚，部队就留言这批人要么被吞噬虫感染而被枪杀，要么就扔下基地人不顾而返回总部。张大校虽然重惩留言传播者，但恐慌不可避免地在部队中蔓延。在即将对医疗中心的患者注射防感染疫苗之际，潜伏在伤员中的变形体煽动部分伤员发动了暴动，他们突破警卫人员把守的隔离中心大门，吵闹着要向张大校讨要说法。
他们中的大部分是正常的，对自己行为有所克制，但小部分变形体乘机混入到基地各处，潜伏起来。张大校宣布基地进入紧急状态，并集合队伍抓捕参与暴动的伤员。
他亲自出马，动用强大的念力攻击，终于镇住了大部分伤员。除开逃离的潜伏者，所有伤员被再次集中到隔离中心，并开始逐一接受注射防感染疫苗。
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“护士，呼叫护士，玛拉提不行了！”一个人族伤员喊道。
“他变异了，快散开！”另外一个伤员喊道。
大家围了上去，只见一个兽族的鬣狗人倒在地上痛苦地扭曲成一团，头部不停地颤抖，四肢部分现出灰土状！
“大家散开，他感染了！”一个医生带领几个警卫干净用麻醉枪将其麻醉，并注射大剂量的疫苗。然而，由于感染太深，这个兽族的战士抽搐了一顿，最终安息而去。接下来的注射中，部分轻微感染的伤员开始恢复，部分伤员则在痛苦中死去。
“报告大校，应到95人，实到89人，另有六人失踪！”
“在基地发布通缉，凡有发现他们六人的，一律格杀勿论！”张大校道。显然，这6个失踪者均发生变异，并潜伏在基地中。
”轰、轰、砰、砰……”，几声巨大的激光导弹轰击声突然想起，张大校等人大吃一惊。这阵响声后，基地开始振颤起来，防空警报声呜呜响起。
“报告大校！”基地遭遇不明火力攻击！
“大家迅速归位，保卫基地！”大校边怒吼，边跑向指挥室！
原来潜伏灾基地的感染变形体报告了基地的方位，吞噬虫军团向基地展开了远程炮火饱和打击，早已集结好的地面和空中部队也开始向基地入侵。
星际联盟精心构建的军事堡垒，在吞噬虫族饱和炮火的攻击下，地面设施被全部摧毁，浅层坑洞也大部分瘫痪，只有部分深入山脚下的坑洞免于远程炮火攻击。
张大校命令大部分士兵撤退到深层坑洞，自己仍旧坚守在总指挥室。总指挥室由山地地热供能，其能量护盾足够坚持较长的破坏攻击，但随着攻击的延长，指挥室内大部分外联系统被击毁，仅仅靠一个地面雷达和埋藏在地底的后备系统维持工作。
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“敌人炮火攻击放缓了，雷达显示空中部队正向我处攻击！命令所有人员脱离坑道，重新构建防御工事。”张大校道。憋屈在坑洞内的战士早就按捺不足，也顾不得头顶仍旧飞啸的炮火，纷纷跃出地面。
当然，当他们看到满目疮痍的基地均内心发凉。在张大校的鼓动下，大家立即投入到简单工事的构建中，并积极修复损毁的战甲、装甲武器等。
在大家积极开展紧张的修复工作时，吞噬虫空中先头部队的空中火力已经袭击而来，张大校命令大家注意隐蔽躲藏，待敌人进入火力范围后展开攻击。由于地面大部分远程火炮、防御工事已经被摧毁，大部分士兵只能依靠战甲和破损的断壁残垣展开反击。