在建设穆陵关的同时, 商毅当然也没有忘记对军队的整编, 正所谓足基础建设和军队建设，这两手都要硬。
现在商毅在穆陵关的军队是一千人的标准，按照商毅的想法，将主力团全部的九个小队都编入正规的军队中。当然对团兵还是征求他们的态度，以自愿为原则。
这时商毅在民团中以经建立了崇高的威信，而且也得到三位村长的全力支持，加上民团成立之后的这两个多月里，商毅对团兵的月钱一直都按时足量发放，由其是打了这几场胜仗之后，毎一个团兵们也多多少少都得到了一些额外的奖励，也更使团兵们对商毅也充满了近乎于盲目的相信，使他们觉得，只要是在商毅的带下，自己就不会打败战。
因此在征求意见时，绝大部分人都愿意从军，跟着商毅干下去，说不定曰后还能混出个什么明堂来呢。只有二十几人不愿意成为军籍，商毅对此也不免强，只足从辅助团的青年团中选出一部分人来，将各小队补充满员。这样穆陵关千总司的总兵力为八百一十人。而原来主力团九个小队的队长都在穆陵关里担任把总，唐镇出任商毅的副手。
在主力团改编入军藉的同时，三村民团依然继续保留下去，因为现在清军以经打进来了，仅仅只靠穆陵关千总司的兵力，不足以抵抗清军的进攻。民团保留下去，对千总司也是一个有力的补充。对这一点，三位村长也沒有反对。
于是商毅又对民团进行一次改组，将原来的辅助团的青年团全部提升为主力团，而他们的实际待遇也和以经转入军籍的团兵一样，只是没有军籍而己。
对这次改组，也釆用自愿的原则，在一部份人退出之后，仍然还有八百八十六人愿意留下来。商毅将退出的人和原来的十三个壮年辅助团一起，编成了新的辅助团，一共有十四个小队，农忙是务安、安闲时练兵，并付责日常保卫村子的工作和官兵的后勤辅助，在必要的时候，做为官兵的补充，这一点是带强制性，是毎一个成年村民必尽的义务。
而其余愿意升级为主力团的团兵们的仍然按穆陵关的官兵编制，也分为六个步兵队，一个骑兵和一个侦察队。各队实际都划规各把总管辖，跟官兵一起训练，这实际上，就等于是把穆陵关的兵力扩大了一倍。
其实商毅本来还打算按照后世现代军队的编制方法，将军队整个进行一次重组，但也考虑到现在这个时机还不成熟，因此也就暂时作罢。
对少年团，商毅也是釆用自愿原则，当然还要经过他们父母的同意，分别编制为主力少年团和辅助少年团。前者和主力团一样，就是编外的官军，主要付责官兵的后勤补充，但军饷比成年士兵减少一半，年龄达到以后，就自动成为正式士兵。而后者的性质和工作与辅助团一样。
结果划分之后，成立了二个主力少年团小队和三个辅助少年团小队。这样一来，穆陵关的总兵力可以达到一千八百九十八人，辅助团可以达到一千七百三十六人。总计可以动用三千五百人以上。几乎以经达到一个游击将军的标准兵力了。
军队重新编制完之后，商毅在主抓穆陵关的基础建设的同时，也没有放松对士兵训练。因为现在穆陵关里的兵营还沒有建好，因此商毅只把编入官军的八百一十人调到穆陵关来，一方面是保护关城，另一方面也维持建设生产秩序。新升级成为主力团的团兵仍然留在王家大屯，由唐镇带领着训练。而商毅则在穆陵关、王家大屯和清水村三地之间来回奔走。
到达穆陵关的军队暂时在关外扎营居住，平时的训练也是在城外进行，只是毎天都会安排一队士兵进城来回巡逻几次。给居民们增加一些安全感。由于新来的官兵不仅精神风貌与众不同，而且军纪也很好，平时绝不会搔挠居民的正常生活，因此在几天之后，居民们对官兵的态度也由恐惧变成了欢迎。
等城里的大训练场的地基整平之后，商毅就安排士兵，在城里举行了一场蹴鞠比赛，也吸引了全城的居民前来观看，使得穆陵关里充了欢声笑语。
不知不觉，时间过去了半个月，眼看着就要进入闰十一月下旬了。而在穆陵关里的建设，还在如火如荼的进行着。商毅的千总衙门的主体结构以经全部完工，正在覆盖屋顶的瓦片，门窗也都在安装中。而兵营、各工匠作坊也都进入了主体结构的施工期。西北区的民宅也开始筑立基础。整个新的格局以经基体能够形成了。
而商毅购买的第一批物资也以经送到了穆陵关里，主要是粮食、木料和生铁等建筑材料，剩下的也将随着工程的进度，陆续送到。
同时在此其间，清军攻下了河间府之后，并没有继续南下，而是暂时在河间府驻扎下来。商毅知道，这是清军奔袭的一贯作法，打下了一处大地方之后，就会以该处为中心，四处掠劫一番，然后屯积起来。
这一天正是崇祯十五年（1162年）闰十一月十八日，登莱巡抚曾化龙也派人送来了一批物资。除了商毅要的火器，有鸟铳二百支，鲁密铳六十支，虎蹲炮六门，佛郎机炮四门，火药八百斤，另外还有纹银一千两，战马五十匹，铁曱一百付，刀枪器械三百件，还派来了火药工匠十二名。
同时曾化龙还带来了一封信，兖州府遭到流寇袭击，自己应山东巡抚王应泰和兖州知府陈观的请求，去救援兖州府。请商毅也带兵相助。
原来山东巡抚的治所应该是在济南府，但自从崇祯十二年（1639年）清军入关奔袭，火焚济南府之后，山东巡抚的治所暂时设在了兖州府。而这一次来进攻兖州府的流寇到也不是一般人，是几名首领都是明末的农民军中颇有名气的人，是改世王许可变、兴世王王国宁、混十万马进忠、四天王李养纯等人，都是参加过荣阳会议的七十二营的成员。
到了崇祯十五年，明末的农民军基本以经形成了李自成和张献忠两大集团。这时分别在河南和湖广一带地区活动。当初参加过荣阳会议的十三家七十二营的成员，除去被朝廷招安和剿灭之外，其他的大多都被这两大集团吞并或是合营。由其是李自成，这时以与绰号曹操的罗汝才、还有以革里眼贺一龙、老回回马守应、左金王贺锦、乱世王蔺养成、争世王刘希尧等组成的左革五营合营，拥兵三十余万，以经有了争雄天下的实力。
当然也不是所有的农民军都愿意与李、张合营。因为实力弱小的农民军一但合营，就基本是被李、张吞并了。于是许可变、王国宁、马进忠、李养纯等几个实力较弱的农民军就不愿被李、张吞并，于是几个人在淮西一带聚集，也自合成一营。同时为了躲开李自成和张献忠，几个人商议决定，躲开河南和湖广，转道进入山东活动。因此才聚集人马，进攻兖州府。
这几个人合营之后，到也拥兵五六万人，实力不弱，于是对外号称十万，直杀向兖州府而来。
山东巡抚王应泰和兖州知府陈观得到了这个消息之后，也被吓得魂不附体，兖州府里一共也就只有三四千人马，而现在清军也打到山东边缘，东昌府和济南府也抽不出多少人马，那里抵挡得住流寇的进攻。因此只能向朝廷救求。但两人商议一番之后认为，估计现在朝廷也派不出兵力来救援兖州府，而负责剿寇的左良玉又远在湖广，指望不上，于是也只好向邻近的登莱巡抚救援了。
曾化龙只是登莱巡抚，按说兖州府并不是他的管辖范围，因此也完全可以不管兖州府的死活。但一来曾化龙还算是一个付责任的官员，邻区有难，于情于理也应该去救援。
而在另一方面，兖州府里可不光只有巡抚王应泰和知府陈观两名官员，还有一名特殊的人物——鲁王朱以派。
他可是老朱家的自己人，崇祯继位之后，对这些蕃王还是比较照顾，一但有蕃王死于农民军之手，对当地的官员必然严惩，因此如果兖州府城破，鲁王有个闪失，那可就不得了了。在三年前的那次清年入关奔袭，在济南生擒了德王朱由枢。结果在事后顺天、保定、山东三巡抚，蓟镇总兵、山东总兵等三十二名高级官都被处以死刑。余者一百二十多名官员受到革职、降级的处份，诛连之广，实在少见。
因此虽然兖州府并不是曾化龙的辖区，但这些前车之鉴可以不能不防，毕竟自己是离兖州府最近的地方大员，万一事后朝廷给自己安一个坐守失札，失陷藩封的罪名，虽然不至于丧命，但个巡抚显然是不能再干下去了。
在出兵的时候，曾化龙又想到了商毅，他手下的人马到是有些战斗力，于是派人传令到穆陵关，让商毅带领人马，到兖州府聚集。