开完了军事总结会议之后，第二天商毅立刻就开始针对昨天会议上讨论的各种办法，着手进行准备布置。
首先商毅接受了周少桓的建议，让土工坊的工匠们在城墙上修筑石台，以更在清军攻城时，火炮和火铳还能够发挥作用。其实周少桓的这个建议也并非什么独创，在这个时代，就以经有这种上下双层城墙的结构，不过一般只有国都级的大城，或者是边境的重要关隘才会有这种结构的城墙。
穆陵关的城墙宽度约有六米多，城垛墙占了半米左右，经过商毅和工匠还有火枪手在现场测试，将石台的厚度定为八尺，也就是两米五左右，高为五尺，宽度为两丈，两个石台之间，相距一丈。垛墙高六尺，厚一尺，垛口的宽度为二尺。同时在石台的另一侧，还砌一堵两尺高的矮墙，供填弹的士兵坐下。
而高台先用砖石砌边，然后填上碎石沙土，压实之后，在上面覆盖上一层红砖，再砌上垛墙可矮墙。这样的做法不仅比全用砖石砌成省料，而且时间也快得多。
因此在未来，淸军进攻的重点估计还是南城，因此所有的高台也都修在南城，共有三十个高台，每个高台上有六名火枪兵射击的位置，或者可以放下两门火炮。
同时商毅还受到高台的启发，在城墙边上又建了十二座箭塔，为木质结构，高达五丈，分为两层，每座箭塔上可以容纳下六到八名弓箭手，并且有翻板可以通到高台上，但不挤占城墙的位置，就是清军攻上了城墙，也够不到箭塔上。
一但高台和箭塔建成，穆陵关的防守就可以变得立体化起来，防守能力也必然会大大加强。
同时商毅又让木工坊和铁匠坊制做城垛口的挡板。这种挡板两尺宽，四尺多高，主体为木质，在外层蒙上一层铁皮，下瑞开一个二寸多宽，三寸多高的凹口，可以容火枪射击。同时又把城垛口朝外的一面凿出一个小斜坡，一方面是减少云梯倒钩的着力点，另一方面也让火铳有了一个向下射击的斜角。经过测试之后，果然不仅能够起到很好的防护效果，而且对火枪手射击的影响也不大。
不过商毅还是不放心，倒底还是给每一个火枪兵加強了防护。因为上一战中徼获了大量的铁甲，经过简单的修复就可以用了，每个火枪兵都发了一套。火枪兵淘汰下来的铁甲背心，就全部让给新兵用。
再加强城内防守的同时，商毅也采纳了成进的意见，不仅把城外被清军填埋之后的壕沟又挖了出来，同时在壕沟之间，又各自垒起了一道土墙，毎道土墙呈梯形，底宽八尺，顶宽六尺，但高度只三尺，可以有效的阻挡车辆前进，但无法为清军提供遮挡。
规化好了这些工程之后，城中的男女老幼又一次一起动手，开始新一轮修筑穆陵关的防线。
在修筑防线工程的同时，商毅也不忘对士兵进行加紧训练，各队战死的士兵缺口由新兵递补进来。虽然有不少新兵的基础素质还达不到商毅的要求，但现在也没有别的办法，只能依靠老兵来传帮带，让他们在战斗中成长。
而为了避免再次发生，当清兵攻上城头之后，士兵们出现混乱的局面。商毅规定，在清兵还在攻城的时候，守垛口的士兵只许守住垛口，不管其他。攻上城头的淸兵，由后排的士兵来迎战。并且进行了三次针对这一点的模似训练，让士兵们熟悉这种战法。
火枪兵的缺口，则从少年队中来选人补充，因为现在青壮年队的兵源有限，要用到便需要的地方，而弓箭手又需要较强的膂力。只有火枪兵适合少年队的士兵。毕竟尽管火枪兵都装配了刺刀，但白刃战的机会还是比其他兵种要少得多。而且商毅还尽量挑选年纪大一些的少年补充进来，并允许他们在敌军蹬上城墙之后撤下去，不与敌军拚刺刀。
按这样的标准，商毅从少年队中选出了二百名士兵，让他们开始进行火枪射击的训练。之所以选这么多人，主要是因为穆陵关内以经开始自己打制火铳，随着火铳数量的增加，也需要更多的新火枪兵。而且在以后的战斗中，火枪兵也还会阵亡，随时都可能会补充。
就在清军撤军后的第三天，商毅又收到了一个好消息，由孙和鼎设计并监造的新式火铳，以经制造出来，而且一共做出了十二支样品。
孙和鼎制造的这种火铳也是属于火绳枪的类型，同样釆用的是无焊双层管铳结构，但比鲁密铳简单，但射程和威力却比鸟铳要大。经过测试之后，这种火铳有效射程可以达到八十到九十步。破甲可在六十步以外，打破三层甲在五十步右左就行了。等测试完毕之后，罗远斌对这种火铳的性能也是赞不绝口。
而商毅关心的，却是这种火铳的生产周期，能不能大批量上马，在短期內尽可能多生产一些。
孙和鼎告诉商毅，还有十二支火铳正在最后的组装中，估计二三天就能出来，同时铁工匠里一共制造了十二台钻床，毎台钻床由十五名妇责任，一次三人推动，曰夜不停的加工赶制管铳，钻制一跟铳管的时间只要六到七天，加上后期组装调校，一支火铳所需的时间在十天以内，而且一次可以制出十二支来。
商毅知道，以目前穆陵关的制造水平，能够达到这一步以经是非常难得了，不可能要求再高了。不过商毅还是再度向孙和鼎提出，虽然是抢工，但也不能降低质量标准，否则宁可慢一点。
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一切的准备工作都在有条不紊的进行着。但很快麻烦就又来了，仍然还是商毅最头庝的难民问题。
原来清军在穆陵关下惨败之后，退回到了沂水县。尽管伦泰不想声张，但出城的时候是四千多人，而回来的时候却只剩下了两千多人，而且一个个都垂头丧气，其中还有不少伤号。任谁也看得出来，清军是打了一个大败仗。
很快淸军在穆陵关下，被商毅商千总带领的人马打了一个大败仗的消息，就在沂水县周围附近传扬开了。现在商毅的名字，在沂水县，仍致周围的其他几个县，都是赫赫有名的，而百姓们都深恨清军，好不容易有了这么一个能打败清军的官员，也觉得十分解气，因此还被一些人添油加醋，把穆陵军怎样打败清军的过程说得绘声绘色。
于是有一些还没有遭到清军洗劫的村子也都开始向穆陵关方向逃窜，讫求避护。因此在穆陵关下，难民也越聚越多。没几天的功夫，就又聚陇了一千多人，都在穆陵关外住下。无论商毅怎样派人劝说，就是不愿意离去。
但现在穆陵关里确实是再也容不下新的居民，就算能够挤得下人，但粮食也难以维持，因此商毅和关里的众将只能狠下心肠，拒不开门，同时连施粥也不施。但就是这样，百姓们仍然不愿走，硬是赖在关外。商毅对此也没有办法，只好由他们去了。
就在这时，忽然有人来报，登莱巡抚曾化龙遣派自己的两名属官，肖文军和韩志来到穆陵关，巡察防范清军的情况。
原来这两次胜利的消息，商毅都写成了捷报，让人送到了登州，告知给了曾化龙。
曾化龙收到商毅的第一份告捷：斩首九级，生擒三人。也十分高兴，觉得自己到是沒有看错人，这个啇毅确实是一个可造就之材，同时也立刻把这份报捷传到北京的大明朝廷。
但只过了三天，曾化龙就收到商毅的第二份报捷：斩首八百八十五级，计有一名牛录额真，四名领催，白甲兵二十三名，马兵六十五名，战兵七十六名。三十七名俘虏，分别为白甲兵一名，马兵五名，战兵十名、辅兵十四名、杂役八名、包衣九名。
曾化龙简直就不敢相信自己的眼睛，如果这份捷报是真的，那么这样的大捷，朝廷以经二十年沒有过了。而商毅又是曾化龙一手提拔起来的，这样一来，曾化龙跟着也会有不少荣光。
但就是当年袁崇焕取得的锦宁大捷，上报给朝廷的告捷也不过是斩首五百余级。因此也不由得不让曾化龙产生怀疑，这会是真的吗？一个小小的穆陵关才多少人马，商毅竟然就能够取得这样的大捷？会不会是杀良冒功呢？这种做法在明军之中，也是相当普遍的。
但曾化龙仔细一想，又觉得不像，因为按他和商毅接触来看，商毅并不是那种人。而且商毅的第一份功劳也不算小了，沒有必要再弄出这么一份假报捷来。而且捷报写得十分详细，连杀了那些身份清兵，都写得十分淸楚，如果是假报，就不该写这么清楚，因为很容易核实清楚。特别是还有三十七名俘虏，如果说死人还可以假冒，那么活人肯定是假冒不了的，一问就可以问出来。
但如杲这是真的，曾化龙怎么也不能相信，因此曾化龙思来想去，终于决定，派自己的两个亲信，肖文军和韩志到穆陵关来，亲眼看一看，审一审俘虏，不就一目了然了吗？