吴三桂收到阿济格的第一份调令的时候，正驻军在仪真，攻打扬州。!。
随着清军的第二次南征开始，吴三桂同样也在积极的扩充着自己的实力，击败李自成之后，也收编了当相部份的大顺军，随后又纳降了刘泽清部，这时吴三桂的总兵力，己经超过了十三万。在攻取了泗州、盱眙两地之后，吴三桂也把下一个目标放在扬州。一方面扬州是江北重镇，地方畗裕，二来也是吴三桂的祖籍正是扬州高邮，衣锦还乡也是人生一快。同时吴三桂还打算，攻下扬州之后，就像清朝请令，将扬州封给自己，同时也做为自已的根基之地。
因为攻克泗州、盱眙两地进行的比较顺利，因此吴三桂也对攻取扬州比较有信心，这到不是他小看商家军的战斗力，而是现在商家军的主力都在江南，苏北地区的兵力不足四万，还是分守扬州、淮安两地。而清军在江北己经集中了近二十五万大军，在兵力己经占了压倒性的优势。而且多铎也出兵进攻淮安，牵制商家军的兵力。
但吴三桂没有想到，在这个时候，罗远斌己经得到了商毅的指示，果断放弃了淮安府，把兵力都集中扬州府境内，以高邮和扬州两处互为犄角，各布置了一个步兵师和一个步兵旅，另外还有一个步兵师作为机动兵力。全为守卫扬州府。
事实再一次证明，一但商家军有足够的兵力进行防守城池的时候，清军是很难以血肉之躯攻破。现在吴三桂手下的人马虽然不少了，但拥有的火器并不多，因此尽管他集中了八万大军，分从两面夹攻扬州，在商家军密集的火力和严密的防守面前，一连攻了三天，拆兵超过万人，但却根本没有任何机会。
而在另一路，多铎在兵不血刃拿下了淮安，断开了商家军的苏北地区和鲁南地区的联糸，但一方面要应付周少桓从鲁南的进攻，另一方面也要巩固淮安府的防守，并且收取宿迁、邳州、海州等地，因此也无法再出兵配合吴三桂进攻扬州，结果守卫高邮的商家军趁机汇同机动兵力，袭击吴三桂的侧冀，迫使吴三桂撤兵退守仪真，进攻扬州的计划，也以失败而告终了。
这时吴三桂才知道商家军善用火器之名，确实不是虚传，正好阿济格的命令也到传到了他手里，吴三桂虽然不甘心就这么放弃进攻扬州，但一来是扬州确实难以攻下，继续强攻，只会损兵折将，消耗自己的兵力；二来以自己现在的力量，还不足以和清廷发生正面的冲突，因此正好也可以借这个收兵撤回庐州，布置南渡的事务。
一路支援南京的人马尚可喜郄阿济格现在南京也是度日如年，十分着急，一连又下了二道催令，催促吴三桂尽快渡江作战。因此吴三桂也立刻下令，征集船只，分从江浦、和州两地渡江，准备进入江南作战，当然在庐州也留下了足够的兵力驻守。
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商毅接到了报告之后，也松了一口气，把吴三桂部吸引到江南战场来，也算是可以缓解一下江北战场的压力，虽然淮安失守，使商家军的山东和江北两个战场彻底断开，但因为商家军现在己在使用飞鸽传，又有海路可通，因此实际的影响力并不算大，而且淮安失守之后，第二军可以全心全意守卫扬州，不仅缩短了自己的战线，同时吴三桂部南渡之后，清军在江北的兵力要减少近半，而且现在还必须又要分散一部份兵力驻守淮安府，也有利于商家军下一步对江北战场的清军进行逐个击破。
不过虽然商家军伏击尚可喜部取得了胜利，但只是延缓了一下尚可喜部东进的时间，现在尚可喜部仍有五万左右的兵力，迟早还会东进，而且有了次中伏的教训之后，他一定会小心谨慎，想再次伏击他，恐怕就不容易了，再加吴三桂部渡江之后，江南战场的压力就会明显增加起来，因此以后的战局，依然不会轻松。
但这种局面也基本在商毅的预料之中，首先吴、尚二部人马进入到作战状态，还需要一段时间，另外下一阶段自己将退回到浙江作战，而战线将会缩短一些，清军的战线却还会进一步拉长，自己就可以从长江突袭，深入淸军的后方作战。因此商毅看着地图，南京、太平州、和州、庐州、池州、安庆府，甚致是湖广，这些长江两岸的地方，都可以是商家军袭击的目标。
而就在这时，商毅忽然灵光一闪，一个大胆的计划，在商毅的头脑里成形。
商毅知道，在另一时空的1947、194这两年里，当时的天朝太祖也面临着十分严峻的军事局面，因此他曾经提出过一个大胆的计划，派遣十万左右的军队渡过长江，在江南地区建立二到三个根据地，一方面是在对手兵力空虚的后方插一刀，另一方面也可以把战火燃烧到敌的后方,减轻正面战场的压力。但这个计划最终因为种种原因，并没有执行，而其中最大的一个原因就是当时的太祖在江南地区还缺乏民众基础。
而商毅所面临的局势，和当时颇为相似，都是面对着敌人咄咄逼人的攻势，形势十分严峻，而敌人的兵力也同样过于集中在双方的交界地方，后方十分空虚，如果在这个时候，派遣一支军队，逆江而，在湖北一带建立起一个敌后作战区，一定也能够打乱清军的布置。
从地理来说，湖北地区才是中国真正的中心地带，四通八达，易攻而难守，由其是在东北一带，就是后世著名的大别山区，地势险要复杂，就是出动十万大军，也难以全部驻守得住。因此如果有一支人马以这一带山区为根据地，以游击战的方式，四面出击，不断打击搔扰清军的后方，一定会让清军十分头疼，从而也可以大大减轻浙江战场的压力。
现在商毅占据着长江下游的入海口，而湖北地区位于长江中游，而且商家军在水面占有绝对的优势，因此双方不仅能够互相呼应，同时也可以使湖北地区的商家军从浙江获得补充，另外如湖北地区的商家军果实在是坚持不下去，也可以比较方便的把他们接回浙江来。
另外在民众基础方面，商毅面临的局面到是要好得多，因为在当初刚刚南下的时候，商家军曾在湖北驻扎过几个月，在当地的名声相当不错。而且在这个时代，满清是地地道道的异族，商家军不仅是汉族的军队，同时也代表着大明朝廷，再加商家军一惯的群众政策，因此商毅也相信，只要是军队一到，应该能够很快就得当地民众的支持，站稳脚跟。
当然这也确实是一件十分危险的事实，弄不好全军覆没都有可能，而且现在仅仅只是商毅的一个构想，想要俱体实施，还是要制定一个详细的计划才行。同时执行这个计划的人选，也要好好斟酌一下。好在是现在还有时间，可以让商毅来慢慢思考。而目前的当务之急，是阻击吴三桂的渡江人马。
虽然吴三桂的人马渡江作战，是商毅已经准备好了的，但这并不表示就会轻易的放吴三桂渡过长江，商家军在水面的优势可不能白白的浪废掉，因此趁着吴三桂渡江的时候，袭击他的渡江船队，不仅可以先消灭一部份吴三桂的兵力，另外也可以拖延一下吴三桂渡江的时间，使自己能够有便多的时间准备。就像是伏击尚可喜一样。
因此商毅得知吴三桂的人马在江浦一带渡江之后，也立刻下令水军出击，袭击吴三桂的渡江船队。
江浦在南京游二十多里的地方，黄震奉命之后，带领水军逆江而，只用了不到一个时辰的时间，就到达了江浦一带的江面，果然发现了清军正在横渡长江。黄震立刻下令船队排成一路纵队，直插淸军的渡江船队，然后左右开火，轰击清军的渡江船只。
清军一来是没有准备，二来用于渡江的船只都是临时租调的民船，根本就没有装配任何武器，因此在江里作战，那里是商家军的对手，在炮火的打击下，一艘一艘的被击得沉入江底。而其他船只见状，也都吓得连忙各自靠岸，不敢再轻易渡江，己经渡过江的船只，也不敢再转回来。
结果这一战清军一共被击沉了五十一条船，阵亡士兵三千余人，但只送过去了五千余人。其他的人马仍然被阻隔在长江北岸。而吴三桂见状，也不敢在江浦继续渡江，只好率军继续向西前进，尽可能的离南京便远一些，再另选其他的地方渡江。而商毅也下令，在沿江密切关注清军的动向，争取再找到袭击清军渡江的机会。