天明之后，洪承畴率领大军进驻麻城县，但这时的麻城县里，己是一遍狼藉，到处都是尸体，有商家军的，也有清兵的，但更多的却是县里的百姓。原来攻下了麻城县之后，清军就开始在县城中大肆杀戳，抢掠，只要见到活人，跟本就不问清红皂白，一率杀死。其实不仅仅是麻城县，在攻破黄安、罗田县之后，清军同样也都进行了屠城。
在清军未入关之前，攻下明朝的城地之后，进行屠城是家常便饭，不过在入关之后的初期，因为安稳人心，这种行为减少了许多。而在南侵己后，由于受到商家军的有力抵抗，在另一时空里发生过的“扬州十日，嘉定三屠”等惨剧，也都没有出现。但随着清军攻占南京，深入南方各地，屠城戳地的事情，也开始越来越多了起来，尽管没有达到“扬州十日，嘉定三屠”
这么大的规模，但除了商家军占领的江浙一带地区之外，在湖广、江西、福建、广东等地的杀戳，也并不比另一时空里差多少。
而在湖北地区的屠杀，还有另一层目地，就是对商家军进行疯狂报复，以及对依附商家军的百姓进行恐吓。而这也是清军惯用的手段。虽然湖北地区的人口并不多，但被清军屠杀的百姓也接近十万。
尽管洪承畴对清军的这种用屠杀百姓来进行恐吓统制的行为并不赞同，但也知道自己并不能阻止，而且洪承畴也承认，在短时间，这确实是最有效果的方珐，因此也只就睁一眼闭一眼算了。而且现在要让他操心的事情太多了。
虽然清军在湖北战区己经取得了巨大的胜利，但付出的代价同样也不小，共计阵亡的人数己经超过了五万，加上前前后后一共修筑了大小堡垒近四百多个，也消耗了大量的人力物力，可以说清军现在也己是筋疲力尽，必须要经过一段时间的修整才行。
不过洪承畴也知道，尽管商家军失去了全部的地盘，但躲进大别山里的余部还有不少人马，而大别山区连续数百里，山高林密，山路崎岖复杂，商家军又占据了险要之地，这正是商家军最喜欢作战的地区。而且清军的堡垒围攻战术在山区实施的难度也大得多。同时洪承畴也从李本深那里得知，这本来就是商家军的战略，利用大别山广大的山区，继续和清军周旋，等待着反攻的时机，在大别山里也准备了许多物资弹药。因此清军征剿商家军的战斗，还并不能说取得了全面的胜利。
当然如果仅仅只是湖北的战局，洪承畴到还并不怎么担心，因为现在清军在湖北地区还有近十万大军，虽然不能占领大别山，但封锁出山的要路，还是做得到的，因此只用慢慢的围困，也能把商家军给耗死在大别山里。但问题是商家军的渡海突袭盛京，却始终是洪承畴心头压着的一个巨大阴影。
而洪承畴也知道，这个阴影早晚都要来的。一但发生，清军在湖北地区，仍致整个南方的优势，都有可能全部化为乌有。自己这次南方督师的结果，恐怕也只能以失败收场。毕竟总会有一个人来承任这个责任，多尔衮当然不会承担，多铎也不会，勒克徳浑份量不足，那么也只有轮到自己头上了。
但尽管洪承畴知道这个结果，偏偏什么事情都做不了，只能等着结果到来。当然现在还是有许多事情要做，无论是回兵北京，还是继续进次湖北，首先是要休整部队，其次是现在时间充裕了，也可以从李本深嘴里多了解一些商家军的情况。因为这一战之后，商毅恐怕将真正成为可以与清廷正面抗衡，甚致是争夺天下的势力，那么对商毅，以及商家军的情况了解得越多，越透澈，对清廷也就越重要，同时这也是洪承畴日后有机会东山再起的资本。
李本深投降了之后，又帮着洪承畴劝降了一些其士兵，现在投降淸廷的商家军士兵一共有二十七人，洪承畴也把这些人全都交给李本深带领，并且打算以这批人为班底，按照商家军的方法重新训练士兵。
不过这批降兵中，老兵不多，加上李本深一共也只有四个人，其他都是商家军到湖北之后才招募的士兵，而中高级军官更少，除了李本深之外，官职最高的也就是一个副连长，因此洪承畴也觉得还不够。在这一次战斗，清军又俘虏了不少商家军的将士，其中还有一个团长，洪承畴也想从这一批俘虏里招降一些人过来，由其是赵岳。洪承畴也打算不惜一切代价招降。
于是洪承畴立刻把李本深找来，道：“本深，你对这个赵岳熟悉吗？”
李本深点了点头，道：“末将知道，赵岳本是明朝卫所千户，驻守天津卫，在崇祯十七年…不，是顺治…顺治元年(1644年)，商毅袭取北京时，投靠了商毅。这几年也立下了不少战功，很受李定国赏识，末将升任了二十二旅旅长之后，李定国本打算委他出任末将的副手，任二十二旅副旅长，但他却宁愿低一级，出任正职，也不想当副长，因此李定国才让他担任十四团团长，而这十四团，就是当初李定国发家的地方。”
洪承畴点了点头，笑道：“宁**头，不当凤尾，看来此人到是有些意思。那么本深以为，有可能招降赵岳吗？”
现在李本深的心理，当然是商家军的士兵投降的越多越好，于是想了一想，道：“依末将来看，到是有可能，赵岳立的功劳虽然不少，但为人颇为清高，而且时常都有怨言，在军中人缘一般，另外此人对明朝颇为忠心，而对商毅越暨自立之举也颇为不满，因此依末将来看，从这几方面入手，应该是有可能说降他的。”
洪承畴听了，也颇为满意，道：“好吧，不过他这次到是受了不轻的伤，先缓他几日，等他养好伤之后，再劝说他投降。”
两人正说着，忽然一个卫兵匆匆走进大帐，道：“禀报大帅，镇江失守了。”洪承畴听了，也不禁脸色大变。
原来洪承畴离开南京之后，镇江的告急也一封一封发到了南京，多铎本打算自己亲自领军，去援救镇江。但这时鳌拜却主动请令，要求甴自己率领一支人马，去援救镇江。因为鳌拜是刚到南方，还没有出战过，而且他在北京时听到许多关于商家军的传说，都说商家军是如向厉害，鳌拜素来轻视汉人，心中也颇为不服，因此也打算借这个机会，去和商家军打一仗，看看商家军到底是怎么个厉害法。
鳌拜在清廷素有满州第一勇士之称，为人骁勇善战，在皇太极时代为清廷立下了不少功劳，而多铎也觉得鳌拜善战，又初是到南方，有一股锐气，让他领兵前去也付，因此命鳌拜带领二万人马，赶去援救镇江。
鳌拜领命之后，立刻带兵出发，而且知道镇江军情紧急，下令倍道而行，尽快赶到镇江。虽然有人提醒他，当心商家军伏击，不可轻急冒进，但却被鳌拜大骂一顿，说他胆小如鼠，幸好这是个满人，如果是汉旗的人，早就被鳌拜一刀给砍了。
结果清军出发之后，一路急行，其他什么也不顾。
而清军从南京一出击，就被商家军的侦察兵发现，立刻飞报给驻守句容的第一师。
第一师是第一军的王牌部队，但在这次进攻镇江的战斗中，没捞到主攻的任务，被分来阻击清军的援军，师长苏建林虽然不敢违抗军部的命令，但也憋了一肚子气，正好清军的援军来了，苏建林当然不会放过这个机会，因此立刻下令出击，袭击清军的援军。
结果商家军刚刚布置好防线，鳌拜就带兵杀到，也不问清红皂白，立刻向商家军的阵地发动猛攻。按照鳌拜的想法，一阵冲锋就可以把商家军给打散了，那知在商家军凶猛的火力阻击下，清军一连发动三次进攻，都被商家军给打退，人马伤惨重不说，而且士气大跌。
而苏建林见状，立刻下令，趁势向清军发动反击，结果一个反冲锋，反而把清军打得大败，尽管鳌拜尽力指挥清军抵抗，但也根本无济于事，后来就连鳌拜都身中三枪，幸好是他穿着三层重甲，因此才侥幸没有伤及性命，但肋骨也被打折了二根，也无力再战下去，被败军抬着，退回了南京。
援军被击败的消息传到了镇江，也让镇江城里的守军顿时军心大乱，而这时商家军也向镇江发动猛攻，同时长江舰队也赶到了镇江的江面，从江上猛轰镇江的水门。在水陆两路的打击下，镇江终于也守不住，被商家军突破城墙，杀入城中，守军败退出城，逃回南京。
洪承畴看完了战报之后,
也不敢怠慢，立刻派人回到南京,
催促多铎赶紧渡江。