任何一个新王朝建立, 都要建立自己的宗室太庙, 供奉祖先, 和历代的君王宗族，以及祭拜鬼神的社稷坛。而且太庙和社稷坛也一般都和皇宫建在一起, 因此无论是北京还是南京, 按左祖右社的传统，太庙的位置都在天安门至午门这一段中轴道路的东侧, 而另一则是社稷坛。
而且在新朝建立之后，一般开国的皇帝都会把自已的祖宗灵位全都都供奉到太庙中来，同时对自己以上三代都还有追加一个皇帝或皇后的封号，尽管他们在生前并不是皇帝，但在死后却可以享受帝王的供奉。
在商毅穿越之前的那个时空里，南京的皇宫早己经不存在了，而北京皇宫的太庙和社稷坛，也己变成了文化宫和中山堂。
当然现在南京皇宫还是基本都完好的，太庙和社稷坛也都在，用不着大兴土木，但供奉商毅的先人灵位，而有宗室，到是给商毅出了一个不大不小的难题。因为在这个时代，商毅根本就是孤家寡人一个。
在商毅刚暂露头角的时候，还曾经流传过一段时间，称他是成化年间的名臣，内阁大学士商辂的后人，但那时商毅己有了自己的目标，并不想别人攀上关系，因此没有承认。而后来商毅的势力渐成、独立的倾向也越来越明显，也就没有人再提这件事情了。而商毅当然也那不出自已的族谱来。就是先人的名字，商毅也只知道自己的父母和爷爷、奶奶的名字，再上一代，就不知道了，因为在商毅出生前，太爷爷和太祖母就己经去世了。
好在是从一开始商毅就是以平民孤儿的面貌出现，因此没有族谱，对自己的先人所知不多，也只正常，商毅只好把自的父母和爷爷、奶奶的名字给报出来，而他们的身份，全部都是农户，祖籍就定在山东沂水县。而内阁大臣们也给这四位老人拟定了尊号，商毅对此也没有太计较，他们拟定什么就是什么吧，然后命人制成灵牌，供奉在太庙里，这样总算是把自己的宗庙给建立起来。
而在称帝之前，还有其他几件事情，虽然不算大，但也必须确定下来，一个是皇帝和皇后的服饰，因为在称帝大典中，其他的嫔妃可以在皇宫里等着，但皇后是必须出席的，如果是有皇后的话。那么皇帝和皇后装的服装，还有皇帝的冕琉冠，皇后的凤冠，另外还有皇帝的玉玺大印和皇后的宝印，这些东西都要制造出来，在称帝大典上都是要用到的道具。
商毅这才知道，原来当一回皇帝还真不是一件容易事情。怪不得自己说了一切从简，还是要拖了两个多月的时间，这些东西的制作也要周期。当然商毅也会偷懒，只是一句说，这些物品的样式就都按明朝的制度来制。但称帝大典要进行那些项目，每一项又是怎样进行，就必需由商毅逐一确定。
在十月十二曰这一天，龙凤袍、冕琉冠、皇冠，凤冠、还有玉玺都己经制好了，也都一一送进宫来，让商毅过目试穿。
龙凤袍各做了五件，每件都是最上等的丝绸，最复杂的提花工艺制做，毎件的样式都有所不同，是分别应对接见群臣、祭天、祭祖、检阅军队和回宫迎受群臣朝贺的不同的场合穿，而且毎一套龙凤袍都会配相应的皇冠、凤冠以及腰一带、靴子等等。不过其中有一套，就是检阅军队的服装是由商毅亲自设计的。
冕琉冠、皇冠，凤冠都是用纯金打造，并辅以少量的珍珠、翡翠、玉石等等，冕琉冠、皇冠都是以龙纹龙形做为基本造型，而凤冠当然是以凤形为基础。制做的到是相当精致细巧，龙凤造型都做得栩栩如生，甚到连一片鳞甲、一根羽毛都刻画的无比精细。
玉玺一共制做了五块，全部是用最上等的白玉整料雕刻而成。以交龙造型为纽，大小不一，规格为五寸九分到二寸九分不等。
中国的玉玺制度也不是一成不变，而且皇帝也不是只有一块玉玺，在不同场合，不同的文件，都要使用不同的玉玺。在秦汉时期形成了八玺制，一直沿用到唐朝，基本都一样。直到唐朝武则天称帝时，则独出心裁地增加了一方“皇天景命有德者昌”神玺，而将八玺制改为九玺制，同时又将“玺”改为“宝”，从此以后各朝都称“玉玺”为“宝”了。而北宋增至十二宝，南宋则是十七宝。明朝猛增至二十四宝，清朝除交泰殿二十五日常使用外，还供奉着“盛京十宝”。幸好中国是到清朝就打住了，如果后面还有，估计会超过一百宝了。
而这次制做的五方宝印分别是：皇帝受命之宝，为以章皇序之用；皇帝奉天之宝，为以章奉若；皇帝之宝，为日常用玺；皇帝信宝，为以征戎武之用；制诰之宝，为以谕臣僚之用。
无论是龙凤袍、冕琉冠、皇冠，凤冠还是玉玺，做工用料也无一不是上上之选，也代表了这个时代中国最高的纺织技术、玉石雕刻技术、金属加工技术水平。可以说无论是那一样，拿到后世去都可以拍出天价。而且为防万一有损坏，除了玉玺之外，其他每一样都做了两件，以备万一。
在十月十四日到十六日，又对整个大典的过程进行了三次彩排，基本做到了万无一失。整个过程也并不亚于搞一次奥运会开幕式。
好不容易终于等到了十月十八日，商毅早早起床，穿好了一件团花绣五爪金龙龙袍，带好冕琉冠，首先带领着群臣来到南京城外东南角的天坛，拜祭天地。这一次出行，商毅并沒骑马，而乘座龙辇，周围还有九曲金顶、白旄黄钺，等等仪仗。
沿路都己经用清水洗过，又散上了黄土，而且在大道的两侧，也站满了围观的百姓，沿道都摆满了香案，不少百姓都在香案前下摆叩首。因为商毅在南京的统治确实很得人心，不少百姓也是真心拥护商毅当皇帝。
一行人马浩浩荡荡出了南京，直奔天坛而去。天坛也是南京本有的建筑，在历次的战争中虽然有一些损坏，但大体的格局还基本保留，现在破损的地方都已重新修好，而且又粉饰一新，这时更是布满了丝绸彩带和旗帜，鲜花，以及盛装的侍女，就连守卫天坛的士兵身上都是披红挂绿，绣带飘扬、旗帜飞舞，看得去五彩缤纷，艳彩夺目。
随着商毅的一行人马到达天坛，锣鼓丝竹齐响、琴瑟琵琶，笙管笛萧等乐器也一起奏响，迎接商毅的一行。虽然是经过了彩排，但毕竟是今天才看见全貌，也确实吓了商毅一跳，这还是尽量从简的结果.
等到了正式的时辰之后，在天坛上也摆放好了三牲祭品，案蜡香炉，商毅沿着台阶登上了天坛，而文武官员们按照各自等级位次，站在天坛下面。虽然穿着又长又大的龙袍，行走颇为不便，但商毅还是十分顺利的登上天坛，首先焚香三柱，对天三叩首，将香插进香炉，随后又泼洒了三杯酒，以示对天地的恭敬。
再次叩拜天地之后，商毅才站起身来，面向台下的官员，开始高声并朗读祭文，表示自已是顺应天命，称帝建国。同时并接受了皇帝受命之宝、皇帝奉天之宝两块玉玺大印。然后在天坛接受了文武百官的三叩九拜，齐声高呼万岁，连同守卫天坛的士兵、待女也都齐声欢呼，声震云霄。整个祭天仪式也全部结束。
随后商毅才下了天坛，重新上辇，率领着文武官员们返回到南京城里，进行称帝仪式的第二阶段，这一阶段的事情都是在皇宫里进行。
进入皇城第一道大门原来是叫洪武门，这时也正式更名为中华门，进入皇城变后，其他的官员都在承天门外等候，由十余名主要的大臣陪同商毅进入承天门，而这时叶瑶瑱也己头戴凤冠，身穿凤袍，在端门内等候。
商毅更换了一套龙袍，由叶瑶瑱陪同，在社稷坛里拜祭各路神仙，又在太庙祭祖，正式将商氏先人的牌位供奉在祖庙里，并且建立商氏族谱，将商毅和叶瑶瑱的名字也填写在上面，这也像征商氏的宗庙正式成立。
拜神祭祖之后，商毅和叶瑶瑱由午门进入紫禁城，在太和殿上等候，而在承天门外的大臣们也都依次列队，进入皇宫，商毅在太和殿上居中正座，接受众官员们的参拜，众官员们向商毅行三拜九叩大礼，齐呼三声万岁。然后由王夫之当众朗读建国诏书，以及国号、年号等等，这也表示中华帝国正式成立。
随后商毅又接受了皇帝之宝， 皇帝信宝，制诰之宝这三块玉玺，同时正式策封叶瑶瑱为皇后，叶瑶瑱向商毅拜谢之后，接受了皇后的宝、印、册，然后和商毅并肩而坐，接受众官员们的贺拜，并且对官员们进行封赏。整个称帝仪式的第二阶段也结束了。