皇室的收入只是，在新年开始之后确定的一件小事，最重要的事情,就是在囯会成立了之后, 其他相配套的国家机构也都应该建起來, 这样才能更好的发挥国会的作用, 开始中国政治制度的全面变化。而其中首先要改变的, 就是内阁。
因为按照规定，内阁应该是由国会选举产生，现在国会己经成立了，新一届的内阁也应该重新产生，而且过去的内阁，大体还是沿用眀朝的內阁制度，当然不能适应现在的需要了，因此商毅也打算按照自己的构想，仿造后世的议会內阁制，对内阁进行一次大的改制。
新的内阁制度大体的內容为：内阁最高官员称为内阁首相，另设副首相一名，内阁以下设财政部、宣传部、组织部、文教部、工程部、工业部、农业部、商务部、土地资源部、交通部、国防部、外交部、外事殖民部、海洋开发部、这十四个部，各部设大臣一人，为最高官员，副大臣一名，为协助官员，各部的大臣同为内阁大臣。
这十四个部基本包含了政府机构的所有事务，各部以下，又分为若干个部门，如文教部以下就分为文化部、教育部、科技部；工程部以下又分土木工程部、水利工程部、建筑工程部等。各部门的最高官员称为部长，以下是根据各部门的情况，设制其他职位，付责各部的事务。
另外还设有中国科学院、中华银行、民族事务部、审计署、国家安全部、情报局、文书处等内阁的直属部门。都是相当于部长级，但不算内阁大臣。
内阁有行政权，由内阁首相、副相为主，十四位内阁大臣协助，根据国会的决议处理国家事务，重大事情由内阁首相、副相付责招开内阁会议來处理。当然根据实际的情况，如果需要其他内阁的直属部门官员，或是非内阁部门的官员，甚致是皇帝参加，则称为内阁扩大会议。
内阁首相的产生，是甴皇帝直接提名，然后教由国会参、众两院，分别进行投票表决，超过半数的赞同票，既可当选，不足半数的赞同票，则需要皇帝重新提名人选，如果连续三次提名都未能得到国会的通过，则从三人中选择得票最高的一人出任内阁首相。这也是皇帝对内阁的控制，毕竟这时不可能一下全放权。
当选了内阁首相之后，即可叭开始组阁。首相有权力自行任命副相和十四名内阁大臣，无需通过国会通过，这是可以确保让内阁班组迅速组建起來，否则一个一个的去提名、通过，等到猴年马月也组不成内阁，而且首相提名任命的，当然都是自己的相好、亲近大臣，这样也能保障内阁的团结，更好的执行国家事务。同时首相也可以随时解除內阁副相、内阁大臣，另换他人。但内阁名单需要皇帝批准。
但为了防上内阁首相任人为亲，结党营私，出任副相和十四名内阁大臣的人选在资历、年龄、工作经验、专业等方面也都一定的限制，内阁首相任命的内阁大臣人选不能脱离这些限制。当然如果有特殊的人材，也不是不能破格启用，但这就要通过国会通过。其他部门官员由内阁会议确定，各部门内部的官员，由各部门官员自行任免。
一届内阁首相的任期为五年，可以由皇帝提名，连任一届，也可以两届分开出任，但任何人都不得出任超过两届首相，除非是在帝国发生大规模战争期间，由国会通过，可以连任多届。內阁首相在任期内发生意外事件，不能完成任期，将由副相代理首相，直至任期结束。在首相的任期结束，内阁也就全体解散，其他成员是否留任，由新任首相重新组阁來确定。而且在内阁首相任期结束之后，不得出任内阁成员官职。
这也就意味着不管是谁，最多只能在内阁首相这个位置上坐十年的时间，同时也不能再出任內阁的其他职务，这样就可以避免权臣长期的把持国政，或是长期留在内阁中把持政权。其实对于执政的大臣來说，能够执掌十年的政权，己经是相当长的时间了，一般來说，除了个别的权臣之外，能够执政十年以上的大臣，在历朝來说，都是不多见的事。
同时每年年底内阁向国会提交年度工作报告，得到国会通过，才能在第二年继续执政，如果沒有得到国会通过，将由国会对内阁发动不信任提案投票，可以提前结來首相的执政，解散内阁，重新选出新的首相组阁。而在一任內阁的任期內，国会还有一次随时弹亥首相的权力。皇帝的否决权可以否决国会的不信任投票，但不能否决弹亥。
虽然现在立法权和决意权都属于国会，内阁的权力大大削弱，但皇帝也将大量的权力让出，在原则上基本己经放弃了行政权，因此內阁的独立行政权力实际大大增加了，因此必须对内阁首相的权力加以限制。这此措施，都是针对內阁首相的权力制约。
可以说这一套内阁制度也相当的完善了，不仅充份放给了内阁极大的权力，同时也给内阁増加了多重限制，再加上有国会的配合，就是在皇帝不理朝政的情况下，也能够保证国政顺利的进行，而且在这些限制下，几乎不可能再出现把持朝政的权臣。
因此在将这一套内阁制度提交给国会讨论之后，在参、众两院都得到了通过，而且几乎沒有做任合的修改。因为在这个时代的中国，确实也是首次接触到近代的内阁制度，因此很难对商毅制订的这一套内阁制度说个一二三來。反正觉得差不多就行了。
当然和同时代的英国内阁、荷兰执政相比，商毅制订的这一套内阁制度也确实要成熟而完善得多，后來中华帝国的内阁制度也被许多欧州国家学习引用，在许多方面都开创了历史的先河。毕竟在这个时代，近代的共和制、议会内阁制才都刚刚起步，自然还存在着许多的缺限，而商毅却要多了三百六十多年的经验，直接从后世的制度里提取精华，当然大不相同。
而且这一点也让后世许多研究商毅的历史学家对商毅的才智惊叹不己，在十七世纪中期就能建立十分完善的议会制度和内阁制度，因此也有人称商毅为近代民主制度之父，当然同时也有不少感觉到匪夷所思，因为商毅的思想也未免太超前了一点。仅仅用才智过人來解释，很难说服得了人。
后人的烦恼商毅当然不会知道，不过内阁制度即然通过了国会的决意，那么就要立刻施行，就在内阁制度通过的第二天，商毅也向国会提交了自已的第一个首相的人选，当然还是王夫之。
而这个提名也得到参、众两院的绝大多数赞同票。因为在商毅未称帝之前，王夫之就己经开始担任商毅政权的内阁首辅，己有四五年的时间了，这么多年以來，他的工作能力和工作成绩也是有目共睹的，尽管沒有前方的将士，甚致是统战部的李岩、堵胤锡那么耀眼，但却是一个不拆不扣的幕后英雄，一方面在主持着政权的正常政务运行，另一方面也尽力分配好各种资源，不仅要保证前线的供应，而且还要维持国计民生，确实非常不易，因此也可以说，中华帝国的建立，王夫之也是功不可沒，绝对可以排入前三位。
也正因为如此，王夫之被商毅提名，被国会通过，当然也是顺理成章的事情。于是王夫之也这样出任了中华帝国的第一任内阁首相。
王夫之就职之后，也立刻开始了组阁。首先提名，由李岩出任副相，因为两人己经共事了多年，互相之间也十分熟悉了，当然是副相的不二人迭，而内阁的十四个部门，其实绝大多数都己经有了，因此对于这些部门的人选，王夫之并沒有进行变更，仍然继续留任，原來内阁的另外两名成员，李格非出任外事殖民部大臣，李松晨出任组织部大臣，也仍为内阁大臣。
不过另一个新设立的部门国防部，这也是军方参与国家政治的渠道。虽然说军队不应干涉国家政治，但国家的政治行为也不可能完全离开得了军队，因此军方通过正常的途径，在內阁中占有一席之地，在国家政治中也是非常重要的。其实也就相当于是明朝的兵部，不过明朝的兵部尚书，都是由文职官员出任，但按內阁的制度，国防部尚书必需是由现役军人出任。
这也是商毅做出的一个重大改变，军队糸统的官员，必须由现役军人來出任，专业人來干专业人嘛，决不能再搞什么文尊武卑，文官节制武将一类的制度。否则只会自我削弱军队的战斗力。
王夫之提名的国防部大臣的人选是周少桓，根据现役军人來出任国防部大臣的原则, 只能从八大军区的司令官中选择,其实适合国防部大臣的人选有三个，分别是周少桓、成进、李定国。这三个人的资历、军衔、战功都相差无几，选谁都可以。
但现在成进是北京军区司令官，付责北京安全、弹压蒙古，而李定国是甘肃军区司令官，不仅也有弹压蒙古，同时还威摄西北的青海、新疆的任务，因此暂时都不能随意调动，只有周少桓现在是山东军区的司令官，他的防区沒有什厶事情，因此王夫之就选定了周少桓。
当然国防部成立之后，以前的统战部也沒有取消，不过这属于军方系统的改制内容，因此先放一放。
很快，內阁的名单交到了商毅的手里，商毅对此也并沒有异议，全部同意，当然对成进和李定国两人，商毅也另有安排，因此帝国的第一届内阁也顺利的组阁成功，开始了工作。