虽然商毅最初的想法，是弄成一场新旧思想正面碰撞、交流、沟通的辩论，但这一次辩论最终持续的时间之长、影响的范围之深远，参与的人员之多，在中国思想发展历史上的地位，对中国传统思想造成的决突之大，都远远超出了商毅的预期目标。
按照内阁的计划，这一场辩论是在四月十日，定在南京师范大学进行。辩论的題目就是请愿的第一条：施行古制，以仁义礼信治国；双方各出五名代表出场辩论，而傍听的人员约有八百余人，除了请愿人员全部出席之外，其余的都是南京师范大学的学生，和南京学术屇的人员。
內阁方面对第一场辩论是做了充份的准备，在辩论的一开始，就紧紧抓住“施行古制”这一点中的“古制”两个字，到是那一段时间才算“古代”，是不是只要以前的朝代都算古代，还是以传说中的“上三代”才算古代。
而请愿代表只能回答是上三代的制度才算古制，但內阁一方马上就抓住了这个口实，质问请愿代表，上三代到是推行的什么制度，中央机构是怎么设制，地方行政又是怎样安排，权力怎样分配，怎样监督，怎样制定的税赋制度，结果问得请愿代表哑口无言，根本就答不上來。
言必称上三代，是中国古代学术文章的一个特点，因为按中国传统思想的观念，上三代就是中囯的黄金时代，大同社会，反正就是上三代什么都好。
但只要不是书呆子，其实谁都知道，所谓“上三代”到底是怎么一回事，一千个人有一千种说法。一是时代久远，二是史料缺乏。但也正因为如此，在为了证明自己的观点正确，因此就全部推到“上三代”上面去，“上三代”就是这样做的。就连黄宗羲的［明夷待访录］里，也是假借托上三代。说白了就是把上三代当做任人打扮的小姑娘，根据自己的需要，想怎么说都行。
而请愿者将“施行古制”列为第一条，也是沒有办法的事情，因为帝国是刚刚建立的新朝，百废待新，沒法用祖制來压服新朝的制度，只好推到古制上面，但却又被内阁的代表紧紧抓住，结果弄得十分难甚，最后沒有办法，只好避开了这个话題，把目标集中在后一句“以仁义礼信治国” 上。说上三代的精神就是以仁义礼信治国。
但对这一点，內阁一方同样也作好了准备，立刻列举出种种例子，证明帝国确实是在推行仁义礼信，并沒有疲弃上三代的精神。而这时请愿者一方才算是缓过一口气來，于是也引经居典，开始了辩论。
不过在辩论之前，內阁一方就做好了每一场辩论的基调，就是决不和请愿者提出的这十二条要求搞对立，而是尽量证明帝国的政策当中己经包括了这十二条，只不过除了这十二条之外，还有其他的政策。在这方面，内阁显然就有很大的优势，可以找出多的实例证据來。而请愿者一方则是绝对的对立，就是一付有你无我的架式，另外也只能照读经典，举不出多少实例來，面对面的辩论，也沒法使用大扣帽子，强词夺理之类的手段，这样一來內阁一方自然就在辩论中大占上风。
结果双方经过了两个多小时的唇枪舌战才结束，尽管最终并沒有宣布谁胜谁负，但在辩论时过程中，请愿的一方多次被內阁问得答不上來，而内阁一方一直都振振有辞，有理有论，因此结果也自然分晓。请愿方垂头丧气的离开了辩论会场。但关于这次辩论话題的议论，却一直在随后的几天时间里，成为南京学术届议论的焦点话題。
随后在四月份里，南京师范大学又继续举行了两场辩论，由于有第一场打底，而且各家报纸也都大加宣传，因此傍听的人员也大大增加，在第三场辩论的时候，傍听的人数达到了二千三百余人，有一半都在会场以外傍听。其他学校，包括在南京周边地区的许多学者也都赶來傍听，而且每一场辩论之后整理出來的文字稿，都会被抢购一空，一时也是万人空巷，洛阳纸贵。
不过由于请愿一方在大道理上确实是占不住脚，而且辩论的经验和技巧也都不如内阁一方，结果这三场辩论中，尽管请愿的一方每一次都更换了参与辩论的人员，但都明显处于下风，因此请愿的一方也有些着急了，于是也向內阁提出要求，停一段时间，好让自己一方有足够的时间來准备，收集足够的资料。而内阁一方也表示了理解，给了他们足够的时间。
而这时有一些倾向于请愿一方的国会议员也來拜访请愿者，教了他们一些辩论的技巧，并且制定了辩论的基调，首先就要尽量放弃那种绝对对立的态度，尽可能模糊自己的观点，寻找对方的弱点。同时也有支持请愿方的学者也纷纷为他们出谋划策。
第四场辩论在五月五日举行，而应各方的要求，这一场辩论设在南京工程大学举行，并且随后的辩论，将轮流在南京、杭州的大学中循环举行。而每一场辩论的谤听人数不能超过八百人，而请愿一方只能出席二百人。但在每次辨论之后，将在第一时间将辩论内容张贴出來。
因为做足了充份的准备，因此请愿一方的表现就好多了，至少己经可以和内阁一方有來有往，争上几个回合，不致于全无还手之力。但在无形中，请愿一方的所持的观点已经缓和了许多，至少不和朝廷针锋相对，同时在辩论的话題上，也更多的偏向于学术思想方面，而减少了许多政治方面的味道。
而这次辩论的影响力也越來越广泛，由南京一直影响到周边地区，由其是那些请愿者來自的地方，对这次辩论犹为关注，因为这关系到这一次请愿行动的成败。另外不仅仅是在南京，在许多地方，也针对这一次辩论的内容，展开了讨论，并也进行了不少的辩论，尽管在规模和影响力方面，不能与南京辫论相比，但对于扩大这次新旧思想的影响力，起到了不少的推动作用。而且还有众多的学者也在报纸上发表文章、著书表达自己的观点，因此一场新旧思想的大争论，也在中国展开。
在南京的辩论一直到十一月十日才结束，其中一共进行了二十三场辩论，有七场在杭州的大学里举行，并且还有两场应商毅的邀请，在皇宫里举行。
但最终的结果还是以请愿者的全面失败而告终，毕竟现在中国的社会经济结构己经开始发生了明显的变化，尽管还沒有达到质变的地步，但己对中国的传统社会经济造成了相当的冲击，而经济的发展，也就需要新的思想基础，传统思想的主导地位己经发生了动摇，因此新思想的发展也是不可阻挡。而且商毅需要沒有利用政治权力强行推进新思想，但却进行了十分积极的引导。更为重要的是，新思想并不是要彻底放弃旧思想，只是拋弃旧思想中一些保守、落后、迂腐的东西，加入一些开放、积极、先进的观念。因此这场辩论的成败，其实是早就注定下來的。
而在辩论的同时，［中华时报］也不忘利用这次辩论，为商毅造势，称赞商毅的胸襟开阔，能广开言路，察纳善言，并不独断专行等等，因为有事实为证，因此对商毅的声望，也确实是一个很大的提高，对于安抚地方的反对情绪，也起了不少作用。
最终请愿者虽然还有所不甘心，但还是只能老老实实的各自返回地方，毕竟辩不过内阁，留在南京也沒多大的意思。而内阁也好说好散，还给每人返回的路费，一切也都做到仁至义尽，也让这些请愿者沒话说。
但等请愿者各自回到地方之后，才发现今年的省试早己经结束了。但这一次，民间的情绪也明显平稳了许多，毕竟谁都知道了这个大势己经不可改变，因此也有不少学子终于开始认真的学习自然科学，以便在下一轮科举中有所表现。毕竟十年寒窗苦溪，不就为了一朝蟒袍玉带，出人头地吗？既然科举要考自然科学，那么就好好的学习吧。
而请愿者虽然离开了南京，但这次新旧思想的辩论却并沒有结來，而是从南京一直发展到了各地方，新旧思想的碰撞，也一直就沒有停止过，有时激化、有时缓和，其中也几经起伏反复，前前后后一共进行了七十余年，一直到中华帝国的第四任皇帝继位期间，新旧思想的争论才基本结束，新的思想体系才基本形成，从而中国也正式进入到近代国家时期。
在后世研究中国历史的专家们都一致认为，将这一段时期确定为中国的近代思想启蒙运动，而这一次南京的辩论，也被认为是中国的近代思想启蒙运动的开始。