共治二年五月底，何腾蛟在贵阳行辕发布争讨孙可望的命令，三路人马，共计十一万人，突然攻击孙可望。
其实明军动用的兵力，远远不止十一万，其中还有大批土司兵马，和豪强自发随行，势必要灭了孙可望，这阵势，像极了后世国军围剿革命根据地。
云南、川南这些地方山林纵横，外来的势力打进来，连路都不一定找得到，所以十分难以攻打，可是明军却没有这样的问题。
孙可望在云南打压士绅地主，使得不少人逃到了明朝的控制区域，现在官军要反攻云南，这些反动份子急于夺回自己的田产，便成了官军的急先锋。
他们熟悉地形，熟悉人文环境，与当地少民首领也有一定的关系，有他们为明军充当向导，明军不怕找不到路，有他们去劝说招降山林的土司，招降城池关卡，对于剿灭孙可望将有巨大帮助。
除了这些逃入明朝统治区域的人之外，在云南境内，还有不少被孙可望压迫的士绅，明军序列中出身西军的将领，也能联系一些故旧，成为明军的内应。
明军各部备战七个多月，得到军令便立刻可以展开行动，何腾蛟六万多人当日从贵阳出发，往西军重兵集结的川南进军，于此同时在云贵边境的陈友龙已经杀到云南与四川交接之地，控制官道，使得孙可望和艾能奇不能相互联系。
在这两路人马出动后不久，广西的明军得到指令，四万多人也开始浩浩荡荡的向云南挺进。
孙可望号称十万雄兵，但那只是吓唬外人，他真正能打的人也就三万左右，剩下大多是些杂兵。
本来以云南的条件，他是养不了这么多兵，可是他对云南的士绅地主，以及大土司进行剥削，强迫他们助饷，便使得他手上还有些资源，能将十万人的架子搭起来。
他选择这种模式，也决定了他不可能安静待在云南，整个西军政权必然具有很强的侵略性和扩张性，他必须不停去掠夺资源，才能养兵，而他去掠夺，又必然使得他招惹上强大的存在，引起局势紧张，他为了应对紧张的局势，又需要多招兵马，便形成了一个循环。
西军政权的这种基因，决定了他要么争得天下，要么死在争夺天下的路上，当然，西军政权也可以改变政策，但这需要一个安宁的外部环境，而西军显然没有这个条件。
现在，西军便是招惹上了他无法应对的强大存在，本来就战兵不多的西军，还被明军分割成了两块。
为了与豪格争夺川南，孙可望几乎精锐尽出，留守云南的艾能奇，虽然号称有四万多人，可是他手中真正的精兵早已被孙可望陆续抽调到川南，剩下的精兵只剩不到两千人。
听到广西明军杀入云南的消息，艾能奇大为惊恐，他曾劝说过孙可望不要招惹明朝，安心经营云南，可是孙可望不听，说那只不过是苟延残喘的多活一段时间罢了，迟早还是要被灭，想要存活就必须挣得天下。不发展，就是等死，拼一拼，还有一线生机。
艾能奇知道孙可望说的并不是没有道理，可是关键是他这一拼，没掌握好尺度和时机，引起了强敌的注意。
进攻云南的明军有四万，都是精锐明军，还有不少土兵随行，除此之外，明朝的藩属高平国、安南国也在边境增加兵力，对云南构成了威胁。
明军来势汹汹，艾能奇点齐兵马，准备前往迎击，大军才从昆明出发，前线就传来消息，镇守广南府的西军老将马唯兴，在刘文秀的劝说下向明军投诚，将广南府拱手相让。
刘文秀原来是西军四王之一，排名还在艾能奇的前面，在西军中具有相当的影响力，他出来现身说法，进行招降，威力可想而知。
艾能奇得到消息，大军马上又返回了昆明，希望借着云南复杂的地形和沿途的土司来阻挡明军进军，消磨明军的士气，使得他们进抵昆明城下时，成为一支疲惫之军。
然而，艾能奇再次失算，明军在前行中确实遇见了一些麻烦，云南的百姓似乎对官军十分反感，但明军在向导的带领下，还是只用了仅仅十五天，就逼近了昆明。
明军同金军不同，金军是北方军队，并不擅长在南方山林中作战，而且没有熟悉地形的向导，所以很难击败西军，可明军不一样，不断军中就有不少西军将领，而且还有云南的士绅，地主为向导，为内应，而且同样善于山林作战，西军装备训练又不如明军，所以便基本没有多少优势。
艾能奇刚收到通往川南的道路被陈友龙切断的消息，心中惊骇之际，没想到明军居然不到半月就逼近昆明，城中被孙可望镇压下去的大族，侵夺了资产的富人们立刻蠢蠢欲动。
艾能奇知道自身不是王进才和刘文秀的对手，他要是被围在昆明，也不会有人来救，所以果断放弃了昆明，逃往大理。
明军不费一兵便占据了昆明，而之所以这么轻松，主要还是双方实力上的巨大差异。
同云南百姓表现出来对明军的反感不同，明军进入昆明时，受到了城中居民的热烈欢迎，城中有头有脸的人物，蜂拥而至，拜见王进才、刘文秀，痛陈孙可望欺压士人，夺人财产的罪恶行径，强烈要求抓住孙可望，弃市枭首。
王进才对此进行一番安抚，然后由他坐镇昆明，而刘文秀则率领一万人马，在降将和向导的指引下，进行追击。
明军在精锐程度上，远远超过艾能奇的人马，很快在楚雄府境内就追上了西军。
艾能奇只能摆开阵势同刘文秀一战，一万明军面对三万杂兵，完全不惧。
刘文秀在阵前招降艾能奇，可惜艾能奇却说，“人活一口气，难得拼一回，既然举起了义旗，就没有轻易放下的道理，大哥他想拼，做弟兄的只能奉陪到底！”
刘文秀见艾能奇对孙可望忠心耿耿，便也不在说话，双方一场大战，西军虽然三万多人，可除了两千多精锐，剩下的都是杂兵，怎么可能打得过一万精锐明军，特别是其中还有操持新铳，屡立战功的克胜营。
战斗不到半个时辰，三万西军就被击败，而艾能奇则领着一万人，逃离了战场。
流寇出身的将领基本都十分善于流窜，可是刘文秀也是流寇出身，他一路咬着艾能奇追击，不过经过一场大败之后，艾能奇人少了，反而跑得更快了一些。
刘文秀几次快要追上时，都让艾能奇逃脱，最后西军冲入东吁国境内，明军才停止追击。