在朱载坖的授意之下，锦衣亲军都指挥使、左都督严绍庭亲自上疏弹劾南京吏部左侍郎署部事李廷机，树碑建祠，严绍庭的奏疏一上，满朝哗然。
严绍庭是什么人？那是朱载坖的心腹臣子，严家三代都是皇帝的狗腿子，其父严世蕃更是朱载坖的亲信，要不然严绍庭怎么能够官居缇帅，而且严绍庭以缇帅的身份亲自上本弹劾，这可不是小事，李廷机虽然现在只是南京部堂，但是也是入阁的热门人选，这下被严绍庭指名严参，很多人都很清楚，这是朱载坖授意的。
毕竟之前朝廷刚刚颁布法令，不准官员树碑建祠，严绍庭就立即弹劾李廷机，而且将各种情况都说的一清二楚，群臣们都很清楚，严绍庭堂堂缇帅，自然是不会乱参人的，这奏疏上的十有八九可能是真的，但是朱载坖会怎么处理此事，才是最关键的。
很快，朱载坖的御批就连同严绍庭的奏疏到了内阁，朱载坖的御批字字诛心：“政以贿成，法纪虽存，然而人心不在。真是败亡之典可述，败亡之政警人。民心、兵心、士子之心，将吏之心， 无所不坏，要皆在廷诸臣之先坏而种种因之。重贿所归，使人不知法纪；以科场为垄断，以文字为纠连；举贪官污吏之所渔猎，豪绅傅士之所诳骗，愤帅骄兵之所淫掠，聚毒于民。民心既去，国运随之。此不重处，国法何用？朕之三尺，岂无能哉！”
对于这些事情，朱载坖自然是不能够加以轻视的，严绍庭呈送相关情况的奏报时，就将李廷机的相关情况也一并奏报朱载坖了。
李廷机是隆庆十七年的进士，十多年就晋升部堂，尽管他的翰苑出身给了他很大的助力，不过李廷机也确实是有本事的官员，历次的考课都是上等，所以才能够得到多次的超擢，得以晋升部堂级官员，这在大明都是不多见的，李廷机本来该是大明政坛上的一颗新星的。
在得知此事之后，太子亲赴西苑，为李廷机求情，太子说道：“父皇，李廷机还是确有才华，其曾言：当官三事，清、慎、勤，清居首。任上考课甚佳，儿臣以为，当为国惜才也。”
朱载坖问道：“记得朕之前说过的吗？芝兰当道，不得不除！”
朱载坖并不否认李廷机有能力，从为官素质上来说，李廷机确实是不错的，即便是锦衣亲军的调查，也证明李廷机确实没有贪赃枉法的行为，但是朱载坖认为，李廷机一样贪，他只不过贪的不是钱财罢了，他贪图的是名声，权力这些，要不然他也不会坦然接受这些树碑建祠之事的，所以从这点来说，朱载坖认为李廷机并不无辜。
这次朱载坖摆明了是要杀鸡儆猴的，李廷机这只鸡大小就正好差不多，以品级职务算，正三品的南京吏部左侍郎署部事不算小了，可以震慑官员，而且李廷机不过是南京的部堂，即便是处置，影响也在可控的范围之内。
不过太子也是要安抚的，朱载坖对太子说道：“你也不必担心，留待你做皇帝的时候再用他吧！”
太子赶紧拜谢，朱载坖这话的意思是很明确了，就是不会下重手了，那太子的目的就达到了，朱载坖的御批到了内阁之后，内阁辅臣们都明白了朱载坖的意思，这次必然是要有人被重处了，李廷机很明显就是被拉出来的那只鸡了，所以王锡爵也赶紧拟票，要求严查此案。
朱载坖也御批要求都察院派遣钦差，查察此事，同时提李廷机于都察院狱中暂押候审。
除了李廷机一案之外，山西户部司官案，也是现在比较重要的事情，和李廷机案的大张旗鼓不同，此案朱载坖采取了秘密查察的方式，遣成国公、锦衣亲军都指挥同知朱应桢加军机大臣衔，巡视山西边防、整饬兵备，赐天子剑许便宜行事。
朱载坖派遣成国公朱应桢出巡，明里是整饬兵备，实则是查察要案，因为山西户部司官案，所牵涉的官员众多，而且对于朝廷来说，山西有大量的军储仓库，朝廷必须要小心谨慎，防范他们狗急跳墙，所以朱载坖派遣朱应桢先密查之后再再做决断。
在这些时间里，朱载坖主要是和内阁商量规范抚按官制度，这也是大明地方官制中的一大弊端，大明原本在地方实施的是三司分治制度，也就是布政使司、按察使司和都指挥使使司分掌民政、刑名、军事的制度。但是很快朝廷就发现，地方政务需要有一定的集中处理权，完全撤销省级行政部门和职官，并不符合政务的需要。但是当这些官员拥有 总管一方的权力以后，又会导致主官权力膨胀，形成藩镇，乃至于失控。
所以朝廷实施巡抚与巡按并列的制度，也寓意有相互监督，而本朝的抚、按之争，成为地方政治特色，也导致地方行政不能够统一，通过这种方式，达到控制地方，防止出现藩镇的作用。
但是朱载坖很清楚，现在这种体制的弊端是越来越严重了，抚按之间动辄争执，朝廷疲于调停，而巡按参与政务，使得巡抚无法独立行政，这也使得朝廷的政策在落实上要打折扣，现在巡按权力过重，对于朝廷来说绝非好事。
巡按御史原本是都察院派遣出巡地方的监察御史，属于都察院各道御史的外差之一，但是其代天子巡狩，所按藩服大臣、府州县官诸考察，举劾尤专，大事奏裁，小事立断，使得巡按御史的权力极重。
论品级，巡按御史不过正七品，与知县级别相同。但由于其任纪纲之职，受耳目之寄，纠劾百僚，肃清庶政。巡按一方，则御史朝廷所差，序于三司之上，这就使得巡按御史礼仪既隆， 其位也尊，其权更大。有了可以干涉地方行政的资本。