从原住民的视角看，红月宇宙的历史并不算长。
6500万年前，包裹着“神印”的陨石撞击地球，导致物种大灭绝。
200万年前，某个外星种族发现了适于自己生存的海洋星球和海底的黑色神印，后因尸变体爆发，外星人濒临灭绝，但他们为了防止神印祸害其他种族，将整个星球冰冻起来，红月的聚合仪式被中断。
公元2214年，阿特曼博士发现了陨石坑里的神印，并对其进行研究，后因尸变体狂潮认为神印很危险，与试图利用神印解决能源危机的联盟政府发生冲突，被暗杀，然后被统一教当成殉道的先知。
公元2311年，联盟政府和统一教的冲突越来越大，但政府科学家还是想办法复制了几个神印，因为无法解析黑色神印的元素，复制出来的神印用其他元素代替，通体呈现红色，所以被称为红色神印。
考虑到研究的安全性和保密性，红色神印被分别安置到远离地球的殖民星球上。
神盾七号上的红色神印第一次激活，就爆发了尸变体灾难，只有红色神印周围的一小块范围可以阻止尸变体靠近（强制休眠），那片区域被称为死亡空间。
军方认为神盾七号的实验结果是失败，所有信息被封锁，红色神印和基地内的大量尸变体组合成被称为“主脑”的有机结构体。
此外，神盾七号的意外发生时，军方检测到3颗红色神印同时收到了原始神印的信号，他们顺藤摸瓜找到了冰冻星球。
公元2314年，研究人员在冰冻星球发现了外星文明和大量红色神印，他们错误地以为神印是外星人铸造的，不小心关闭冰冻装置，导致整个殖民地爆发尸变体狂潮。
察觉真相的保守派将军带头执行五号预案，清除所有跟冰冻星球有关的资料和人员，以免冰冻机器的开关落入有心人手中，再次释放红月。
此后，地球再没有收到该舰队的消息。
但将军的决断只为地球争取了200年。
之后，联盟政府洗牌（为了区分，后称联合政府），统一教势力越发壮大。
而纳米机器人首次进入的时间，便是“和谐开采公司”（简称cEc）派遣名下的行星裂解飞船“石村号”非法开采神盾七号不久。
没错，他们去挖红色神印了。
就算有正常人察觉到殖民地发生大规模自杀事件和他们挖出来的红色神印有关，也无法对抗飞船上的统一教成员。
所以石村号表面非法采矿，实际是为了运输红色神印，所有人员都算合理损耗。
一番操作下来，睡了200年的主脑醒了，开始控制尸变体袭击人类。
殖民地失守，但还是有幸存者开着紧急航天器带着尸变体进入了“石村号”。
后面就是葫芦娃救爷爷，挨个送了。
纳米机器人在失去自己的医疗官主人后，又认其男友（游戏真主角）为主，之后的剧情便转为男主视角。
2508年，收到“石村号”求救信号的cEc派遣小型搜救船“凯利昂号”前往救援，担心女友的男主随船出发。
经历了一系列利用与背叛后，失去所有队友的男主成功将红色神印送回出生地，并杀死主脑，逃出石村号。
期间，还有一艘被派来处理石村号的勇气号被尸变体袭击，最后撞上石村号。
2509年，男主乘坐的救生艇被找到，他被送往泰坦空间站，接受所谓的治疗，实际被关押在精神病房间，cEc的人试图读取红色神印留在他脑中的信息，用来制造12号神印。
同年，cEc还派遣更大的医疗搜救船“奥班农号”去调查石村号事件，结果失联。
三周后，军方带队登上“奥班农号”，审讯完几个幸存者后，将一切灾难归于某个幸存者发动的恐怖袭击，真相就此掩埋。
2511年，联合政府成功制造12号神印，并开始做实验，不久，统一教就发动袭击，导致实验中的尸变体流入居民区。
被统一教成员放出的男主察觉真相后在联合政府和统一教的共同追捕下成功破坏12号神印，但空间站也发生爆炸。
除了他和新女友，无人生还。
之后三年，两人一直在躲避联合政府和统一教的追捕，因为两人对真相态度不同，最终分道扬镳。
2514年，不怕死的联合政府又在尤瑟尔星复制了新的红色神印，这回他们至少知道给神印加个罩子，屏蔽它的电磁信号。
屏蔽站的研究人员意外发现了200年前某个殖民地的研究资料，上面记录了红色神印曾经收到原始神印的信号，以及如何定位信号源，找到原始神印。
统一教又双叒来发动袭击了。
幸存者最终找到隐居月球基地的男主，一起前往冰冻星球，统一教如影随形，一路制造了很多麻烦。
冰冻机器被关，红月继续聚合。
虽然男主和最后的战友设法杀死了完全体红月，打算开船回地球警告其他人。可当他们赶到的时候，地球已经被红月包围了。
因为后面没有推出新作品，男主的故事姑且到这里结束。
至于男主看到的是现实还是神印让他产生的幻觉并不重要，只要神印还在，就会不停往外发出电磁信号。
联合政府试图利用神印获得无限能源，结果只是在帮神印不断复制自己。
统一教的行动宗旨就是帮助神印实现“完整归一”的仪式，直到整个宇宙的生命都被红月吞噬。
就算红月最终因为没有食物陷入沉睡，一旦有新的生命诞生，又会落入同样的轮回。
这么一分析，这个宇宙更像给神印喂食的箱庭了。
如果红月宇宙的人可以抵抗无限能源的诱惑，神印也不是不能被摧毁，冰冻可以让它失去活性，高温则可以破坏一切，只是在那之前，试图破坏神印的人可能早被政府和统一教干掉了。
毕竟神印可以与人产生精神链接，没准就可以读取别人脑中的想法，但联合政府能够做出屏蔽站，肯定是找到隔绝神印污染的办法了。
最大的麻烦是，红色神印完全摧毁后释放的冲击波，会让电子设备暂时失灵。