蒙古帝国，又称蒙古汗国，
是对13世纪蒙古人所建政权的称呼，
包括了元朝和钦察汗国、察合台汗国、窝阔台汗国、伊利汗国。
公元1206年，蒙古乞颜部首领孛儿只斤·铁木真于斡难河，河源称成吉思汗，建立大蒙古国。
大蒙古国建立后，成吉思汗开始征伐西夏、金朝、西辽、花剌子模等国，
其继承人窝阔台、蒙哥又经过两次大规模的西征，
至公元1259年，蒙古帝国已占据包括漠北、华北、东北、西藏、西域、中亚、西亚、东欧、东非等在内的，地跨亚、欧、非三洲，幅员辽阔，国土面积更是达到4400万平方公里的超级大帝国。
十三世纪初，成吉思汗率军进入新疆，击败了西辽，完成了对西域天山南北的政治统一后，
把他征服的地方分封给其子孙。
而西域大部分地区为成吉思汗次子察合台的封地，即察合台汗国。
西域北部少部分地区，被三子窝阔台汗国所占有。
元朝曾在今，伊犁河流域设置阿里麻里行省，但不久就并入察合台汗国。
后又在，今乌鲁木齐一带曾设置别失八里行省，一度被察合台汗国占据，后期重新成为元朝的辖地。
察合台汗国是蒙古四大汗国之一，原为成吉思汗次子察合台的封地。
公元1225年，成吉思汗划分诸子封地，察合台领有西辽旧地，
14世纪初合并窝阔台汗国后，遂兼有西域天山南北麓及阿母河以东地方。
最强盛时疆域，
东至吐鲁番、罗布泊，
西及阿母河，
北到塔尔巴哈台山，
南越兴都库什山。
察合台牙帐设于阿里麻里（今新疆霍城东北）附近虎牙思。
境内居民以农业为主，部分地区兼营牧业。
察合台曾孙八剌为汗时，公元1269年，与窝阔台系后王海都在答剌速河畔举行大聚会，划分了各自在中亚的势力范围。
后八剌为扩大势力范围，曾渡阿母河攻入呼罗珊，为伊儿汗阿八哈击败。
八剌子笃哇继承汗位后，追随海都，同元朝长期为敌，屡与元军争战，不断攻掠畏兀儿地区，终元世祖一朝未断，
直至公元1303年，始被迫向元朝请和，重新承认元朝的宗主地位，与元军共同击败海都子察八儿，尽收海都生前所占察合台封地。
公元1310年，笃哇子怯伯再破察八儿，兼并窝阔台汗国大部分领地，汗国统治中心亦逐渐西移。
自公元1346年，合赞算端汗被杀后，
汗国分裂为东西两部，后分别形成东察合台汗国和帖木儿帝国。
先说西部的帖木儿帝国。
帖木儿帝国，是中亚河中地区的西察合台蒙古贵族帖木儿，于1370年建立的帝国。
首都最初为巴里黑，后相继迁都撒马尔罕、赫拉特。
建国者帖木儿本为渴石地区的突厥巴鲁剌思氏的埃米尔，后来迎娶东察合台汗国王室黑的儿火者的女儿为妃。
黑的儿火者在人们眼中是成吉思汗的后裔，所以帖木儿本人获得了政权的合法性。
帖木儿早年起兵占据河中，以此为核心进行扩张。
帖木儿去世后，其子孙相互争夺王位，之后其四子沙哈鲁统一帝国大部，维持了近半个世纪的繁荣。
沙哈鲁及其子兀鲁伯死后，帖木儿帝国逐渐走向分崩离析，最终于1507年被乌兹别克人取代。
帖木儿的五世孙巴布尔败逃至喀布尔，并在南亚开创了莫卧儿帝国。
帖木儿帝国征服了东察合台汗国、河中地区、花剌子模、美索不达米亚、小亚细亚、高加索和大伊朗地区，并与奥斯曼帝国交战，企图复兴蒙古帝国，但最后因帖木儿于东征中国明朝的期间（1404-1405年）逝世而被迫中断。
帝国的鼎盛时期横亘从小亚细亚到印度德里的西亚、中亚和南亚和费尔干纳盆地，北起锡尔河和咸海，南及阿拉伯海和波斯湾的大帝国。
帖木儿帝国吸收不同民族的优秀文化成果，交融汇合，展现了具有突厥特色的文化新貌，进一步发展了突厥—伊朗文化。
帖木儿家族在首都撒马尔罕创立大学，渐取代巴格达的文化地位，成为穆斯林的学术中心。
再说东察合台汗国，
14~17世纪，由蒙古察合台后代在西域天山南北建立的中国新疆地方政权，又称亦力把里。
公元1347年，为蒙古都格拉特部贵族拥戴察合台汗后代所建。
初以阿克苏为治，不久迁都于阿力麻里（今霍城县），
后又以鸭儿看（即叶尔羌，今莎车）、吐鲁番诸地为治心。
秃黑鲁帖木儿汗时期，一度发兵占领中亚大城撒马儿罕。
统治范围西达撒马儿罕，东迄哈密，
北与蒙古瓦剌为邻，南同西域的于阗等地接壤，势力空前强盛。
东察合台汗国的疆域分三部分：
一是亦力把里本部，
东起北塔山，西到塔什干，北界额敏河至巴尔喀什湖一线，南包天山山脉；
二是杜格拉特部领地，
包括塔里木盆地周围，帕米尔高原及其以西费尔干地区；
三是畏兀儿地，即吐鲁番盆地。
公元1363年，秃黑鲁帖木儿汗死后，东察合台汗国陷入混乱之中。
同一时期，
公元1368年，明太祖朱元璋在南京称帝，大明建立。
公元1378年，东察合台汗国汗权重归秃黑鲁帖木儿汗之子，黑的儿火者手中。
黑的儿火者，成为东察合台汗国的第三任可汗，迁都别失八里。
别失八里是西北西域之地的重要城镇，被视为中国西北之门户，地理位置十分重要。
又译别十八里、别石八里、鳖思马、别石把等，回鹘语“五城”之意，也称为北庭，
原为大唐北庭都护府治所，所在地。
后为元朝所有，元末之时，重新被东察合台汗国占有，
大明太祖朱元璋时，占据西域之地的东察合台汗国的第三任可汗，黑的儿火者，迁都别失八里。
第三任东察合台汗王黑的儿火者汗在位时期，积极与明朝改善关系，重开两地经济交往。
在公元1391年，他曾派使者到南京朝见明太祖朱元璋，成为大明的藩属国。
从此，东察合台汗国以后的历代汗，如之后的沙迷查干汗、马哈麻汗、纳黑失只罕汗、歪思汗，
皆奉大明为宗主国，
经常遣使进贡驼、马、玉石、皮货等特产；
大明朝则优厚回赐丝绢、金银等财物。
大明在明太祖朱元璋和明成祖朱棣之时，
西域，已经成为大明王朝得一部分。