乾元五年（公元395年）燕国完成北方统一大业。
将西北行政重新划分，设立雍州（治所长安）凉州（治所姑臧）梁州（治所汉中）秦州（治所天水）。
以张衮为雍、秦二州刺史、尹纬为雍州别驾，慕容隆为凉州刺史、沮渠蒙逊为凉州别驾，韩胤为梁州刺史。
同时设立西域都护府（治所高昌），慕容农出任西域大都护。
为了镇抚地方，设立汉中、长安、姑臧、枹罕、天水五大军镇，由叔孙建、慕容凤、慕容岳、奚斤、可足浑绍分别出任大都督。各领兵一万人。
同时慕容农率军两万驻守高昌。
其余大军由慕容垂率领返回邺城。
自五胡以来，北方百年战乱的根源，除却政权更迭、权臣割据，最核心的隐患便是胡族部落制。
鲜卑、氐、羌、匈奴诸族以血缘部落为根基，部族首领手握世袭兵权、土地与人口，部落民众只知酋帅、不知朝廷，迁徙无定、聚散随心。
为此，慕容冲诏令全权交由张衮，在雍、秦、凉三州全面推行离散部落国策，彻底终结北方数百年的部落割据体系。
毕竟离散部落国策是张衮提出来的，早在塞北各部已经试验过了，效果良好。
新政严苛且彻底，核心便是分土定居、编户齐民、剥夺私权。
所有归附的氐、羌、鲜卑部落，尽数被拆解分散，严禁部族抱团聚居、随意迁徙。朝廷将各部族民众打散重组，拆分原有大小部落编制，混杂安置于各州郡县民间，与汉民杂居共处。
同时清查所有部落人口，尽数登记造册，编入朝廷户籍，脱离原有酋帅管辖，归地方官府直接治理。
昔日世袭统御部众、掌控土地兵马的部落大人、部族酋帅，被彻底剥夺兵权与治民之权，一律等同于普通编户，仅保留爵位虚名，再无割据作乱的根基。
为防地方豪强与残余势力反扑，朝廷同步拆解河西、陇右、关中留存的私人坞堡，解放坞堡内依附人口，尽数归还民籍、授田安居，彻底根除地方私兵、隐匿人口的隐患。
游牧部族被强制划分土地，定居耕种，摒弃逐水草而居的迁徙习性，逐步转向农耕生计，从生存方式上彻底瓦解部落复辟的可能。
雷霆改制之外，慕容冲深谙刚柔并济、恩威并施的驭人之术。一味强压只会积累民怨、滋生反叛，唯有恩威相辅、分化拉拢，才能彻底安定人心、稳固统治。
故而，大燕朝廷对所有归降的割据宗室、部族首领、功臣降将，尽数厚加封赏、优容安置，以爵位笼络上层，以恩典安定人心。
姚兴为南安郡公早在后秦灭国后携家眷被迁居邺城。
封姚硕德为扶风郡公、苻晖为东安郡公、秃发乌孤为东海郡公、追封杨定为北地郡公（395年春病逝）由于杨定无子爵位由族弟杨盛继承。追封窦冲为义兴郡侯（394年冬病逝）。乞伏乾归为新平郡公，吕光为安成郡公。
慕容冲下诏加封吐谷浑王视罴为大燕河南王。
与此同时，一道硬性诏令同步下达：原前秦、后秦、西秦、后凉、仇池五国所有宗室子弟、核心权贵家族，全数尽数迁徙邺城，集中安置、就近管控。
此举用意深远，一来将所有曾经割据一方的宗族核心掌控于天子眼皮之下，杜绝其盘踞故土、暗中串联、煽动旧部作乱；二来以京畿繁华、朝廷恩典笼络宗室子弟，消磨其复国执念；三来将各地割据势力的核心根系彻底拔除，配合离散部落政策，真正实现釜底抽薪，让北方再无割据叛乱的土壤。
提拔降臣子弟入仕、封赏归降首领、厚恤逝去枭雄、集中管控宗室、离散部族根基、减免天下赋税、安抚流民民生，一套组合拳层层落地、环环相扣。
提拔姚硕德、苻谟、乞伏乾归长子乞伏炽磐等人进入燕国军政序列，原先效命于西北各国的臣子也提拔有才者进入朝堂地方。
苻谟接替慕容温就任邺城令成为邺城行政长官。
对于西北四州慕容冲命令各州刺史尽快核定户籍人口、耕地田亩、地方世族。
对于西北民生治理体系政事堂会议迅速通过了十余条国策。
朝廷从关东粮仓调拨大批粮草西运，接济陇右、河西、关中饥民。允许流落外地的西北百姓返乡归籍，官府统一安置，分配荒地农具。
前朝遗留苛政杂税尽数废除，徭役减半，轻徭薄赋，休养民力。
官府鼓励民间生育，家有新生孩童，予以粮米酒肉补贴。持续推进胡汉混居、胡汉通婚，消解族群隔阂，加速胡汉融合。
提振商业、手工业，重新畅通丝路商贸网络。
……
乾元六年春，慕容垂大军抵达邺城。
慕容冲下诏论行赏，晋慕容垂为秦王。慕容韬袭爵太原王（公元395年，乾元五年太原王慕容楷病故）
慕容冲以太原王爵位为上等王爵，位同秦、晋、齐、楚四封号。
……
苻宝嫁给了太原王慕容韬，苻锦嫁给了慕容垂的庶长孙慕容岳，一时间曾经叱咤塞北的新星迎娶了苻氏姐妹成为了一时美谈。
……
在燕国休养生息之时东晋以散骑常侍彭城刘该为徐州刺史，镇守北方防线。以望蔡公谢琰为尚书左仆射。
纳故中书令王献之女为太子妃。
乾元六年（396年）这一年还发生了一件大事：
东晋孝武帝司马曜驾崩。
却说这一日孝武帝在后宫清暑殿中与张贵人一起喝酒。孝武帝喝高了，对张贵人开玩笑说：“你年近三十，美色大不如前，又没生孩子，白占着一个贵人的名位，明天我就废了你，另找个年轻貌美的姑娘。”
张贵人听了后内心妒火中烧，而烂醉如泥的孝武帝毫无察觉，玩笑越开越厉害，张贵人遂起杀心。
她先让孝武帝周边的宦官们也喝醉，等孝武帝和宦官们纷纷醉倒睡去后，她召来心腹宫女，乘孝武帝熟睡之际，用被子把睡梦中的孝武帝给活活捂死了。
随后，张贵人谎称皇帝于睡梦中“魇崩”。
中书令王国宝深夜前来，叩打禁宫的大门，打算进去替皇帝撰写遗诏，被王恭之弟侍中王爽阻止。
而当时司马道子（已徙封会稽王）也终日声色犬马，由其子司马元显执政，这对父子原本就站在孝武帝的对立面，正当主相相持中被孝武帝一方压制，对孝武帝之死求之不得，因而对张贵人不予追究。
皇太子司马德宗即位，是为晋安帝，晋安帝的智力残疾程度甚于晋惠帝，自然也不会追究父皇之死。
（安帝幼而不慧，口不能言，至于寒暑饥饱亦不能辨，饮食寝兴皆非己出。）
（史学家吕思勉怀疑孝武帝以酒后戏言而被张贵人所弑乃真凶散布的谣言，但他被宫人弑杀应属无疑，从而暗示孝武帝之死很可能是司马道子父子及其党羽王国宝等人策划的阴谋。）
司马曜死后，谥号孝武皇帝，庙号烈宗，与孝武定皇后王法慧共葬于隆平陵。