轨道追击编队全部归位，三层梯次拦截阵型稳定运转，星尘号驻守中央指挥空域，被俘两艘黑暗旗舰封存于隔离空间站等待拆解，整片外层星际空域已无大规模黑暗编队，但陨石缝隙、大气层低空、轨道废弃补给站、地底地层裂隙等处仍散落零散暗能残渣、重伤傀儡、失灵黑雾机甲，联盟启动全域分层肃清行动，轨道机械小队、地面岩晶分队、觉醒巡防队三线同步推进，不留一处暗能隐患，彻底清除先锋军团所有残余势力，杜绝微小隐患在虚无主力抵达时演变为致命威胁。
轨道肃清工作由罗格全权统筹，划分陨石带、废弃补给空间站、低空大气层三大清扫区域，调配两百台多功能净化维修机甲，两两一组全域巡防。陨石带内部残留自爆艇破碎残骸，暗能微粒依附碎石持续缓慢释放反意识波动，机甲搭载微型净化熔炉，抵达后投放浓缩水晶熔浆，包裹碎石逐层中和暗能，直至监测仪器数值回归安全标准，再将无害化陨石碎片收集转运至轨道废料处理站；废弃补给空间站曾被黑雾运输艇临时占据，舱室角落淤积大量暗能残渣，机甲开启全域净化光幕逐层清扫，意识干扰炮消除残留虚无操控印记，防止空间站内部遗留隐匿信号发射器，向深空传递坐标。
低空大气层交由阿强、李伟的觉醒飞梭小队负责，上千架小型飞梭分散排布，搭载便携频谱监测仪，捕捉微弱暗能波动。部分登陆舱坠落谷地后舱体破损，重伤傀儡躲进岩缝、洞穴深处，失去旗舰能源供给后意识紊乱，无固定进攻目标，仅会靠近活物释放分解波。李伟带领意识之刃突击手率先定位暗能信号源头，飞梭悬停洞口，先投放稀释唤醒药剂雾霭，大部分傀儡接触药剂后恢复神智，自行走出洞穴交由后方安置小队接管；少数暗能核心扎根体内、无法唤醒的顽固个体，由意识之刃精准击碎体内暗能脉络，再用水晶原液净化躯体，全程优先保全异族生命，遵循联盟不滥杀准则。
地面深层肃清由莫克、凯恩带领岩晶战士执行，此前登陆作战中部分傀儡钻入地底岩层裂隙，借助地层隔绝表层净化洪流，潜藏在地底能量管线周边，意图伺机破坏意识能量输送通道。凯恩将三千岩晶战士拆分数十支地底巡防小队，携带地层暗能探测仪，顺着地底贯通通道逐段排查，土黄色大地本源渗入岩层缝隙，逼出潜藏傀儡；岩晶禁锢石批量投放，困住逃窜傀儡后，水晶医疗队员跟进投放浓缩唤醒剂，地底受损能量管线同步由岩工匠融合岩层修补，杜绝后续能量泄漏隐患。核心峡谷、星尘共鸣阵地下夹层列为重点清扫区域，多重岩晶隔离墙临时搭建，杜绝任何暗能载体靠近能量核心。
水晶文明卡恩长老调配浮空净化熔炉全天不间断全域巡游，大气层内外循环释放淡青色净化洪流，清扫遗漏漂浮暗能微粒，填补飞梭、机甲巡防遗漏死角；莉娅虽仍在医疗舱休养，残留水晶本源透过地底能量管线输送至各大清扫区域，提升唤醒药剂中和效率，大幅降低傀儡狂暴概率。跨文明医疗浮空艇紧随各支肃清小队，一旦队员遭遇暗能侵蚀，即刻投放修复原液，实时缓解意识刺痛损伤，保障清扫作业不间断推进。
陈默带领机械技术团队进驻隔离空间站，对两艘被俘黑暗旗舰展开全面拆解，一边抽取暗能核心能量样本，记录虚无能源运转逻辑，一边搜查舰内残存虚无操作人员，以温和意识疏导瓦解暗能洗脑印记，多数虚无底层士兵原本只是被掠夺星系的平民，经唤醒剂净化后主动交代虚无主力编制、旗舰武器参数、意识黑洞发生器相关情报，为联盟总攻战术调整提供海量关键依据。提取的暗能数据实时同步至机械枢纽生产线，净化导弹、意识干扰炮快速迭代改良，量产速度再度提升三成。
全域肃清推进至第六个标准星时，所有陨石带、废弃空间站、地底裂隙、山谷洞穴暗能信号尽数清零，监测光屏红色高危标记全部转为绿色安全标识。轨道机甲完成废料转运，大气层飞梭小队回收破损登陆舱残骸，地底岩晶小队修复全部受损能量管线，近万名被俘傀儡、虚无底层人员安置于四大临时隔离营地，专职疏导员分组开展意识修复，战后统一规划送返所属星系。
苏晓汇总全域肃清数据，无一处暗能隐患遗漏，先锋军团相关探测设备、通讯发射器、暗能存储载体全部销毁或封存，不存在任何向虚无主力传递情报的渠道。但监测深空的上千枚浮标传来持续增强的暗能波动，虚无百万主力舰队行进速度加快，距离意识起源星仅剩十标准星时，全域肃清任务完成后，联盟无需再分兵处理残余隐患，所有人力、物资、生产线可全部投入决战备战工作。
林澈召开全域指挥层临时会议，根据拆解旗舰获取的虚无情报，重新调整三层轨道拦截、多层地面防御战术，针对性布置对抗意识黑洞发生器的重型净化主炮阵地；莫克下令地面所有岩晶工事完成最终加厚加固，陈默加速武器量产与星尘号二次升级，卡恩推进全域水晶屏障扩容，苏晓优化跨文明意识网络冗余备份，联盟全线借助肃清完毕的平稳窗口期，全力夯实所有防御、攻击、后勤体系，静待虚无之主总攻降临。