得益于大赦诏令，那些害怕被朝廷追究罪责的王敦下属，像周抚、邓岳等人，陆续从躲藏的地方出来了。周抚和邓岳来到建康，因为两个人是王敦的极力追随者，故被朝廷羁押起来。
太极殿东堂，文武大臣喜笑颜开。文武百官朝拜已毕，列立两厢。司马绍朝费仁招手，费仁过来接过诏令，开始宣读：
前将军温峤加任侍中；郗鉴有才识名望，朝廷大小事情都询问他，诏令郗鉴为朝廷起草表疏诏告，任其简易从事；征召虞潭入朝任尚书；王舒进封都督荆州军事、平西将军、假节；任命王彬为光禄勋；华恒授紫光禄大夫，领太子太保；太傅荀崧迁右光禄大夫、开府仪同三司、录尚书事，兼秘书监；钟雅迁尚书左丞；任命顾众为太子中庶子、义兴太守，加封为扬威将军；东海王文学何充迁任中书侍郎；光禄勋陆晔调任太常，接替纪瞻担任尚书左仆射，兼领太子少傅。中军将军卞壸，迁任领军将军；会稽太守邓攸改任太常；蔡谟任司徒左长史；诸葛恢进爵建安伯，任会稽太守；孔坦迁任尚书郎；太常卿谢裒担任吏部尚书，封万寿县子；桓彝因功被封为万宁县男，补为宣城内史。着作郎干宝呕心沥血写成《晋纪》，该书自宣帝至愍帝计五十三年国史，共二十卷。该书简明扼要，直书史实，语气委婉。干宝家境贫寒，请求担任山阴县令，朕准奏。
一些获任命的大臣，如陶侃和次子陶夏，何充、邓攸等人并没有在朝，只能事后派人传达诏令。温峤、虞潭、王舒、王彬、华恒、荀崧、钟雅、卞壸等跪倒谢恩：“谢陛下，万岁万万岁！”
卞壸出班奏道：“陛下，邓攸其人，多次以患病为由，推辞朝廷的任命。前些日子陛下在南郊举行祭天大礼，邓攸又以病重为托词没有参加。陛下前往探视，他却能抱病迎接陛下。在王敦之乱期间，因病在家的邓攸还经常向王敦报告全国的兵源情况。鉴于邓攸有悖于一个臣子的操守，请陛下将邓攸免职。”
邓攸一生淡泊名利，不论官职升降，都没有喜怒之色。当邓攸在家里接到被免职的诏令，非常坦然地接受诏令，处之泰然。
王导出班奏道：“豫章太守谢鲲在任内去世，请陛下封赠。”
司马绍点点头，说道：“谢鲲爱卿出身儒学世家，年少知名，生性豁达，为人儒雅，见识高明，胸怀宽广。跟随王敦期间，多次劝说其停止‘清君侧’，被王敦排挤到豫章任太守。在任期间深受百姓爱戴，清正廉明。朕本想重用，无奈谢鲲在任内辞世，朕很难过。朝廷加以赠谥，追赠谢鲲为太常，赐谥号为康。”
王导等文武大臣说道：“陛下圣明！万岁！万万岁！”
谢裒出班奏道：“兄长去世，我们全家都很难过。陛下封赠兄长，臣万分感激。臣替兄长子谢尚感谢陛下圣恩！”
“谢爱卿免礼平身。待谢尚弱冠之年后，朝廷会量才录用。”司马绍说道。谢裒再次跪下说道：“多谢陛下隆恩！万岁万万岁！”
温峤出班奏道：“陛下，钱凤身首异处，罪有应得。不过钱凤的母亲八十岁了，生活艰难。儿子的罪过，不应该加在其老母亲身上。请陛下开恩，免除钱凤母亲的株连之罪，让其颐养天年！”
“温爱卿有恻隐之心，难能可贵，准奏。”司马绍说道。
王导出班奏道：“周札在任上被沈充杀害，全族几乎被屠戮殆尽。近来周氏故吏也多次向朝廷诉冤，请求陛下对周札、周筵予以赠谥。臣希望朝廷追赠周札官职，以慰其心。”
郗鉴出班奏道：“陛下，臣认为此举不妥。第一次王敦之乱，如果没有周札投降献出石头城，建康怎么会轻易陷落，台城怎么会被围困。周札此人，是建康陷落的罪臣。不能因为后来被杀死，就追赠周札官职。如果王敦以前的举动，像齐桓公、晋文公一样是正义的，那么先帝不就成了幽王、厉王那样的昏暴之君吗？”
郗鉴的话直截了当，杀伤力很大。但很多文武大臣不愿意当面和王导辩白。所以在场的文武大臣，既没人点头，也没人摇头。
司马绍还要依靠王导，于是说道：“周札献石头城有过，后来为朝廷战死有功。不管怎么说，后来周札对朝廷还算忠心耿耿。朝廷追赠周札卫尉之职，以少牢之礼祭祀，彰显朝廷抚慰之心。”
“多谢陛下隆恩！万岁万万岁！”王导施礼说道。
已经称赵王五年的石勒，趁着江南朝廷虚弱，继续派遣多路人马攻占了豫州、徐州等很多郡县。司马绍忧心忡忡，为了防范羯人，朝堂之上的司马绍亲自发布诏令：当前羯人猖狂，不断侵占我朝疆土。李矩被围困，祖约不断退却。一旦羯人推进到淮水以南，建康危在旦夕。为防患于未然，朝廷迁郗鉴为车骑大将军、都督徐、兖、青三州军事、兖州刺史、假节，出镇广陵。虞潭补任右卫将军，加职散骑常侍。陆晔加授金紫光禄大夫，接替卞壸任领军将军。侍中阮孚赐南安县侯。羊固任临海太守。
过了几天，钟雅、顾众、陆玩、陆喈四人相约，来琅琊酒肆饮宴。小二把四个人领到楼上，找了个雅间坐下。
“四位客官吃什么菜？喝什么酒？”小二问道。
“两个素菜，两个凉菜，两个热菜，一坛金陵醉。”陆玩说道。小二笑着说道：“好嘞！四位客官稍等！”
时间不长，两个女仆端来了酒菜。放下六盘菜、一坛酒和四个酒樽，两个女仆下去了。钟雅端起酒樽说道：“各位，王敦之乱被平息，我们才能回归朝廷。陛下不但没追究我们曾给王敦效力之责，还给了我们不错的官职。陛下成为一代明君，也未可知。”