摧毁了‘次元裂缝’后，各文明的舰队又花了三个多月的时间，将剩余的‘破界者’战舰给全部清除干净了。
2085年9月6日，‘星海共同体’理事会正式宣布，被称为‘第一天灾’的‘破界者’，已经被完全消灭。
其对银河系的威胁，也彻底的解除了。
不过，第二天灾‘索林原虫’和第三天灾‘肃正协议’依旧存在，银河系各文明深知，目前还没有到可以庆祝的时候。
共同体理事会也将下一步的目标，放在了打败‘索林原虫’和‘肃正协议’上。
经过四个多月的休整、改编和备战后，共同舰队开始兵分三路，向被‘索林原虫’占据的其中三个星系飞去。
原虫的个体实力不强，但数量众多，而且繁殖速度很快，成长的周期也很短。
正是凭借这样的优势，原虫才可以在一开始处于绝对劣势的情况下，撑到了如今能和强大的‘肃正协议’打得难解难分。
三支编队驶入原虫占领的星系后，激烈的战斗随即展开。
尽管将大量的生物战舰部署在了与肃正交战的前线星系，但原虫留守在这三个星系的生物战舰数量也有很多。
如果放在以前，共同舰队难免要经历一番苦战，才能击败这些生物舰队，将被占领的星区夺回。
可今时不同往日了，共同舰队在没有动用基因武器的情况下，其舰载武器轻易就能洞穿生物战舰的甲质外壳。
而战舰的护甲，也已经能有效的抵御虫舰的生物导弹、角质飞刺、天灾酸液等方式的攻击。
拥有了这样的实力，三支编队并没有经历太过激烈的战斗，就将原虫的生物战舰给干掉，并夺回了这三个星系。
接下来的日子里，共同舰队在保证补给航线安全的前提下，对原虫占领的星系发起了全面的收复战役。
仅仅三个月不到的时间，11个星系被成功收复。
6颗被用来生产虫兵和生物战舰的孵化星球，被共同舰队给成功‘净化’，使得原虫兵力补充的效率被极大地削弱了。
就这样，在共同舰队和肃正舰队的双重攻击下，‘索林原虫’所控制的星系一个接一个的被攻陷。
尽管又有大批的原虫生物舰队，从它们原本所在的世界赶来支援。
但面对数量已经不输于自己，实力又比自己高很多的共同舰队和肃正舰队，‘索林原虫’彻底败亡的局面，已经是不可逆转了。
其中的一只虫后，或许是看到了败局已定，竟然带着自己所管控的那支生物舰队离开了银河系。
黄海滨见状，交代了一些事情之后，便独自驾驶战机，追寻那支开溜生物舰队而去。
人类一方都知道黄海滨的实力，所以并不担心他的安危。
2086年7月11号，共同舰队收复了‘图雅玛星系’，消灭了最后剩余的原虫生物母舰，
至此，‘索林原虫’的威胁不复存在。
只要将‘肃正协议’的最后一颗机械星球给毁掉，银河系各文明就能获得最后的胜利了。
其实，早在最后一批‘索林原虫’被消灭前，共同舰队就已经与肃正的舰队发生过了数次战斗。
不过在当时，双方的攻击重点都不在对方身上。
星海共同舰队想要尽快消灭剩余的原虫，然后再集中力量对付‘肃正协议’。
而肃正舰队则在调集兵力，希望在能赶在共同舰队完全消灭原虫前，将来势汹汹的‘赛博勒克斯守护者’给灭掉。
好在兵力充足的共同舰队兵分多路，以更快的速度和效率干掉了所有剩余的原虫。
2086年7月18日，共同舰队同样兵分三路，攻向了被‘肃正协议’占领的三个星系，与其展开了最后的决战。
由于长期与‘索林原虫’交战，这片星域的肃正战舰数量虽然不多，但战斗力却是最强的。
在其数据库中，存储和推演了多种新式的战术和战法。
而且，为了有效对付原虫，这些肃正战舰的舰载武器和护盾护甲升级和改造过。
比之前肆虐另外三个星域的同类战舰更强大、更先进。
因此，在与这些肃正战舰作战的过程中，共同舰队舰船损失的比例，比以前的战斗要大了不少。
好在银河系各大文明又补充了不少新锐的战舰，使得战舰数量有增无减。
为了尽快获得最后的胜利，彻底终结天灾对银河系的威胁，共同舰队联合指挥部制定了有关‘奇袭’的战术。
这个战术和当时突袭‘破界者’老巢的‘次元裂缝’有些类似，就是先跃迁一部分战舰至最后一颗机械星球所在的‘伦多尔星系’。
在吸引了肃正守军的火力和注意力后，再将主力舰队跃迁过去发动奇袭。
不过，由于‘赛博勒克斯’的舰队也在作战，而且是孤军奋战。
担任人类联合舰队统帅的林夕月提出意见，希望能先协助对方一道，将所有前来围剿的肃正战舰给消灭。
毕竟，现在大多数肃正的战舰都被‘赛博勒克斯’舰队所吸引。
如果能将这些敌舰全部消灭，就等于是消灭了大部分的肃正舰船。
最后再对‘伦多尔’实施突袭，其成功率将会极大的提升，而本方战舰的损失概率也可以降到最低。
可联合指挥部却认为，正因为大部分肃正的战舰都去围剿‘赛博勒克斯’舰队，‘伦多尔’的防守必定空虚，正是突袭的绝佳机会。
因此，林夕月的意见被拒绝了。
由‘海希恩天祝会’等文明组成的奇袭舰队，率先向‘伦多尔星系’实施跃迁。
当跃迁到目的地后，守卫在该星系的大量肃正守军，随即对先锋舰队展开疯狂地围攻。
建造在星系各处的防御要塞、恒星基地等设施，也配合着舰队攻击共同体的先锋舰队。
短短的20分钟不到，这800艘战舰组成的先锋舰队就被全歼了。
幸好联合指挥部及时阻止了后续编队的跃迁，避免了更大伤亡的发生。
看到‘伦多尔星系’无法用这种方法攻破，联合指挥部转而采纳了林夕月的意见，命令所有战舰前往‘玉耀增十星系’，与‘赛博勒克斯’的舰队会合。
2087年9月2日，就在‘赛博勒克斯’舰队快要被全部消灭之时，星海共同舰队的战舰终于分批跃迁而来。
已经打得筋疲力尽的肃正舰队，很快就被前来支援的共同舰队全部干掉了。
战斗刚刚结束没多久，‘赛博勒克斯’剩余还算比较完好的战舰，便马不停蹄地朝‘伦多尔星系’驶去。
共同舰队也迅速进行重新整编，留下了一些受损较重的舰船，然后也向‘伦多尔星系’飞去。
有了‘赛博勒克斯’舰队在前方开路和吸引火力，共同舰队可以跟在后面专心攻击敌舰。
由于敌人的恒星基地和防御要塞对舰队造成了不少的损失，联合指挥部立即命令载有步兵的舰船，前去夺取或破坏这些大型防御设施。
人类的修真者、修炼者、基因战士、灵能战士等，开始发挥出了强大的个人武力。
在成功登上各大型设施后，便将里面的肃正守军杀得是节节败退。
原本操作防御武器的肃正步兵，不得不停下手头的工作前去作战。
没有了这些大型防御设施的威胁，共同舰队终于可以放开手脚地进攻肃正的战舰了。
经过七天的奋战，所有的肃正战机和战舰，终于全部被消灭了。
各个大型防御设施，被各文明的陆军或是占领，或是摧毁。
随后，所有的战舰火力全开，任意攻击着机械星球的每一寸角落。
这样的做法虽然耗时耗力，但相对来说安全一些。
想当初在攻打第二颗机械星球的时候，也是派出了大量的陆军登陆星球，然后直接攻入核心区域将其破坏。
可是，在机械星球被成功摧毁时，几十万未来得及撤离的各文明的陆军，随着星球的大爆炸而殒命。
“轰轰轰！”
经过两个多月的持续轰炸，这最后一颗被炸得千疮百孔的机械星球再也承受不住，从内部开始发生大爆炸，继而整颗星球全部被炸得碎裂。
原本还一直能接收到的‘幽灵信号’，也随着星球的爆炸而停止。