朱载坖最终还是说服了太子，太子主要是考虑到日后的工作压力问题，朱载坖也向他指出，随着大明经济的发展，疆域的扩大，皇帝所要处理的事情自然是越来越多，皇帝不可能将所有的政务包揽，这点不管是朱载坖还是朱翊釴父子两人都是很清楚的。
所以在这种情况下，朱载坖认为皇帝集权的方式要加以变化了，之前大明的那种将所有的权力集中到皇帝身上来的办法已经是不行了，就是把重八哥现在挖出来也不行了，这点朱载坖和太子两人都是很清楚的，现在皇帝确实是难以处理这么繁杂的政务了。
所以朱载坖的看法就是必须要下放部分权力，但是钱粮和官军是绝对不能有任何的放松的，相反还要不断地加强，一兵一卒、一枪一弹、一文一粒都必须在朝廷的控制之下，主要让渡的就是行政权力，使得内阁至少是大半个宰相，对于一些政务，朝廷要适当予以放松。
这其中的分寸还是予以掌握的，所以此事要逐步的予以推行，首先要做就是两件事情，第一就是借由对于京察大计的改革，加强内阁在人事任免上的权力，保证内阁拥有部分的人事权。
第二就是对于科道予以限制，保证内阁作为整个大明行政班子的核心，保障内阁的行政权不受干涉，这点是极为重要，也是难度极大的，本朝的科道官，确实是极为强悍的，因为大明整个的政治制度都是在防范权臣的，当年太祖皇帝反思前元灭亡的主要原因，认为就是权臣乱政。
太祖皇帝认为：“元政不纲，权臣窃命于内，守将擅兵于外，是致干戈鼎沸，国势日危。”
所以太祖皇帝废丞相，集权于皇帝，按照太祖皇帝的设想：“自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉、唐、宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人，专权乱政。今我朝罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后子孙做皇帝时，并不许立丞相，臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死，”
而皇帝就必须承担了宰相的职能，而维护这个祖制最厉害的就是科道，因为科道是从其中受益的，没有宰执重臣的约束，一旦皇帝对于政务松懈，科道言官就能够凭借自己手中的监察权力干涉行政，甚至胁迫内阁，所以在坚守祖制这方面，科道一向是主力。
其中对于严嵩、高拱、张居正三位首辅的批评是最大的，因为大明迄今为止，最像权臣的也就是这三位了，对于这个问题，太子也认为是值得商榷的。
太子对朱载坖说道：“宰相之职，上有以格君，下有以足民，使贤才列乎位，教化行乎时，风俗美于天下，伦理正而礼乐兴，中国尊而夷狄服，有生之伦各遂其性，而无乖戾斗争，则可为尽职矣。”
当年对于张居正的弹劾是最多的，科道认为：“高皇帝鉴前代之失，不设丞相，事归部院，势不相摄，而职易称。文皇帝始置内阁，参预机务，其时官阶未峻，无专肆之萌。二百年来，即有擅作威福者，尚惴惴然避宰相之名而不敢居，以祖宗之法在也。乃大学士张居正偃然以相自处，擅作威褔也！”
他们认为张居正内阁已经具备了对其他行政部门的统辖性影响力，这种局面的出现是对太祖时期中枢政体的一种逆反。而科道必然是要维护大明祖制的，尤其是张居正的省议论，更是让科道所无法容忍的。
张居正当然也予以了反驳，他认为：“彼谗人者不畏不愧，职为乱阶。且其蓄意甚深，为谋甚狡，上不及主上，旁不及中贵，而独专刃于仆之身，又无所污蔑，而独曰：‘专擅，专擅’云云。欲以竦动幼主，阴间左右，而疑我于上耳。赖天地宗庙之灵默启宸衷，益坚信任。不然，天下之事岂不为之寒心哉！”
朱载坖对于张居正一直是予以支持的，他很清楚，辅臣要想有所作为，就必须有权力才行，否则的话就根本无法推动自己的政治理想。
朱载坖对太子说道：“夫以无权之官，而欲强作有权之事，则势固必败；以有权之事，而必责于无权之官，则望更难酬。此从来阁臣之所以无完名也，抑亦所居之地使之然哉。”
朱载坖认为现在内阁就是处于这么一个权责不对等的状态，天下的百姓和官员，希望能够像历代的贤相一样辅佐皇帝，成就盛世，但是实际上内阁并没有相应的权力，和前代的宰相相比，内阁的权力是小的可怜的，封驳权在诸科，批红在司礼监，各部院还可以公然和内阁跳反，这样的情况下，还能指望内阁像历代的贤相一样辅政，这显然是不现实的。
太子也说道：“父皇，言事者益裁量执政，执政日与枝拄，水火薄射，讫于灭亡，此诚可忧危者也。”
这点朱载坖也是认同的，朱载坖这次改革的主要目的就是要纠正内阁权责不一致的情况，最终的目的就是达到“大 臣 可 以行重臣之事，而不必避权臣之名。”
朱载坖总结道：“国之大权有三：曰内阁，曰铨曹，曰台谏。内阁者，无专任有独权，预制是非予夺而与天下公者也；铨臣者，采天下是非以予夺天下者；台谏者，持天下公是公非而赞予夺于铨曹者也。”
对于现在朝廷中的三大势力，内阁、科道、吏部的权力分配是一个主要的问题，内阁必须有足够的权力，才能够实现朝廷对于内阁的期望，所以朱载坖认为，必以权寄内阁，然后以科道绳之，铨曹衡之，各司其职，方为朝廷百年之道也。