被崇祯下令抄没的山西晋商，以范、王、梁、常、侯、曹、乔、渠八大家族为首，皆是明末以来垄断北方贸易、勾结后金、盘剥百姓的巨富。范家世代经营张家口贸易，家主范永斗常年亲赴沈阳，向后金输送精铁、火药、粮食甚至情报，每年获利数百万两；王家掌控山西半数盐引，勾结户部官员偷税漏税，坐拥良田两万余顷，佃户十万余人；梁家垄断边境茶马互市，一边赚取大明与蒙古的差价，一边将明军布防图卖给后金；其余五家也各有分工，或经营票号洗钱，或走私兵器盔甲，或收买朝廷官员。这八大家族相互联姻、盘根错节，上至内阁大学士，下至边境守备，皆有他们的眼线和爪牙。
八大家族的下场极为惨烈。崇祯下旨，将范永斗、王登库、靳良玉、梁嘉宾等八家主犯，全部押解回京凌迟处死，家族中十五岁以上男丁一律斩首，十五岁以下男丁流放云南，女眷全部没入教坊司。所有参与走私通敌的掌柜、伙计共计七百余人，全部斩首示众。张家口的晋商商铺被尽数查封，地窖里的金银、仓库里的粮食、铁炉里的兵器，全部充公。
晋商八大家族被抄没后，崇祯连续下达数道旨意，由司礼监秉笔太监李永贞、户部尚书毕自严、山西巡抚耿如杞三人牵头，处置抄没财产、整顿地方。旨意明确，毕自严负责清点所有金银、粮食、商铺田产，造册后统一归入国库；李永贞负责监督抄家过程，严查私吞财物的官员；耿如杞负责维持地方秩序，抓捕漏网的晋商余党。所有查抄的十万顷良田，大半划归地方官府，用于安置流民、开垦耕种，一小半分配给边境退役士兵，每人授田五十亩，免三年赋税。
针对晋商勾结后金、私售军需的弊端，朝廷下旨严禁民间私售精铁、火药、硫磺等物资，在山西、直隶、陕西边境设立十二处铁贸管控站，所有铁炉、铁匠铺均需登记造册，由工部专人监管。凡私自铸造兵器、售卖精铁给异族者，一律凌迟处死，邻里知情不报者，连坐流放。
伴随抄家与查案同步推进的，是大明官场一轮大规模的官职任免。李永贞因主持抄家有功，被擢升为司礼监掌印太监，兼管东厂事务，成为崇祯身边最受信任的内侍。毕自严因清点财物有功，加太子太保衔，仍任户部尚书。所有在抄家过程中出力甚多、未私吞分毫的官员，皆得到破格提拔：太原府同知因主动揭发范永斗藏匿的三处地窖，连升三级，升任山西布政使；锦衣卫千户王体乾因斩杀反抗的张家口守备李茂盛，被提拔为锦衣卫指挥佥事；耿如杞麾下的三名参将，因监管抄没财物有功，均被擢升为副总兵。
原山西总兵官李国梁，因收受晋商巨额贿赂，放任铁器、粮食、火药走私出关长达十年，被崇祯下旨革职查办，押解回京凌迟处死。崇祯力排众议，将驻守辽东宁远的满桂调往山西，接任山西总兵一职，统领太原、平阳两镇兵马，负责拱卫山西全境，直接受兵部尚书孙承宗节制。满桂到任后，第一时间接管了晋商遗留的所有铁炉与兵器库，严查边境走私，山西防线的防御能力得到显着增强。
朝中与晋商有牵连的官员，也尽数遭到清算：户部右侍郎因收受王家贿赂，包庇其偷税漏税，被革职处死；内阁大学士来宗道，因曾为晋商说情，被勒令致仕；原宣大总督张宗衡，收受贿赂后默许晋商走私，被革职流放；山西按察使刘诏，与八大家族勾结多年，贪赃枉法，被押解回京斩首。其余涉案的大小官员共计一百二十七人，或降级、或革职、或抄家流放，无一幸免。
在财政与边防方面，抄没晋商带来的积极变化迅速显现。此前空虚的国库与内库，因一千二百万两现银的注入，终于摆脱了捉襟见肘的困境。按照崇祯旨意，截留山西的四百万两现银，如期调拨至大同、宣府、延绥三镇，补足了历年欠饷，边军将士的士气大幅提升，不少原本涣散的队伍，重新恢复了操练秩序。
送往陕西的一百万两银钱，由洪承畴统筹分配，一半用于剿匪军饷，让围剿流民的明军有了充足的粮草与装备，剿匪进展明显加快；一半用于赈灾，在陕西各州府开设粥棚、搭建暖棚，发放棉衣被褥，有效遏制了流民增多的势头，不少流离失所的百姓得以返乡，地方秩序逐渐稳定。
徐光启拟定的西式新军筹备工作，也因充足的银钱支持，顺利推进。朝廷下旨，由内库优先拨付五十万两，用于采购西洋火绳枪、铸造野战炮，挑选青壮士兵的工作在京营与九边同步展开，公沙的西劳等葡萄牙铳师，已开始着手挑选第一批士官，训练计划逐步落地。
山西本地的善后工作也有序推进，留作地方善后的一百万两现银，一部分用于修缮因战乱与雪灾损坏的城池、道路，一部分用于安抚晋商旧部与受灾百姓，恢复地方贸易与农业生产。原本被晋商垄断的票号、商铺，由朝廷接管后，重新规范经营，缓解了民间贸易的流通困境。
晋商的跌倒，彻底斩断了后金获取精铁、火药的重要渠道，也让大明摆脱了被巨商掣肘的局面。一轮吏治整顿过后，朝堂风气为之一清，原本推诿扯皮、贪腐成风的官场，多了几分实干的气息。崇祯手中有了充足的银钱，又有了孙承宗、满桂、洪承畴、徐光启等一批忠心能干的官员辅佐，得以全力推进强军、赈灾、整顿吏治等各项事务，原本衰败的大明，渐渐有了一丝复苏的迹象。